编辑注: 这个问题最初表述为SimpleITK.Show()ImageJ中在Linux上生成错误
如何在Linux SimpleITK.Show()链接到ImageJ的?
通过将SimpleITK 1.0.0升级到1.0.1,我能够从SimpleITK.Show()启动ImageJ。但ImageJ无法打开“sample_mri.hdr”。 ImageJ生成以下错误消息。
文件是不支持的格式,读者
插件不可用,或者没有被发现。
root/local/linux/ImageJ/open(“/ temp/TempFile-7131-2.nii”);
root/local/linux/ImageJ/rename(“/ temp/TempFile-7131-2.nii”);
我已经安装了相应的ImageJ插件来读取hdr/img(分析格式)。
sitk.Show(img, 'sample image', debugOn=True)
FindApplication搜索路径:[./Fiji.app,/顺/家/ vwang我可以直接转到文件>打开
调试消息从ImageJ的开放 “sample_mri.hdr” /bin/Fiji.app〜/斌/ Fiji.app,/opt/Fiji.app,/usr/local/Fiji.app]
结果:
FindApplication搜索路径:[./Fiji。 /cis/home/vwang/bin/Fiji.app,〜/ bin/Fiji.app,/opt/Fiji.app,/usr/local/Fiji.app]
结果:
FindApplication搜索路径:[./ImageJ,/顺/家/ vwang /斌/ ImageJ的〜/斌/ ImageJ的为/ opt/ImageJ的,在/ usr /本地/ ImageJ的]
结果:
FindApplication搜索路径:./,/顺/家/ vwang /斌/〜/斌/为/ opt /是/ usr /本地/]
结果:在/ usr/local/bin/ImageJ
显示命令:'/ usr/local/bin/ImageJ' '-e''打开(“/ tmp/sample-4434-0.nii”);重命名( “样品”);”
插件:
如何在Linux SimpleITK.Show()链接到ImageJ的?
我已经下载了ImageJ,我可以通过直接运行ImageJ来查看图像。过去有人问过类似的问题(Can not "link"SimpleITK::Show() with FIJI),但解决方案是针对windows操作系统的。什么是UNIX相当于
setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe
我的Python代码:
import SimpleITK as sitk
img = sitk.ReadImage("sample_mri.hdr")
sitk.Show(img, 'sample image')
错误消息:
return _SimpleITK.Show(*args, **kwargs)
RuntimeError: Exception thrown in SimpleITK Show:
/tmp/SimpleITK/Code/IO/src/sitkShow.cxx:500:
sitk::ERROR: Error in administrating child process: [No such file or directory]
的所有插件什么SimpleITK的版本是你使用的?请尝试1.0.1,因为错误消息应该有所改善。 – blowekamp
我很好奇你是否尝试过使用ImageJ ITK集成? http://imagej.net/ITK https://github.com/imagej/imagej-itk – ctrueden
@blowekamp 我升级到1.0.1,我不再收到错误消息。运行sitk.Show()后,ImageJ启动,但我收到两条错误消息(请参阅编辑)。 – DottedGlass