合并NetCDF文件在R

Question

我有2个netCDF文件（每个.nc文件有4个变量：敏感，感染，恢复和居住，每个变量的尺寸为64 x 88）。我想将这两个文件合并到一个单独的netCDF文件中，这样合并的文件将分别堆叠。从2个文件中感受敏感，从2个文件中感染，从2个文件中恢复，并从2个文件中居住。

这里有2个文件（first和second）

谁能帮我这个好吗？

由于提前， 阿肖克

Answer 1

的ncdf4包会做你想要做的事。看看下面的代码，仅为一个变量的例子。

#install.packages('ncdf4') 
library(ncdf4) 

file1 <- nc_open('England_aggr_GPW4_2000_0001.nc') 
file2 <- nc_open('England_aggr_GPW4_2000_0002.nc') 

# Just for one variable for now 
dat_new <- cbind(
    ncvar_get(file1, 'Susceptible'), 
    ncvar_get(file2, 'Susceptible')) 
dim(dat_new) 
var <- file1$var['Susceptible']$Susceptible 

# Create a new file 
file_new3 <- nc_create(
    filename = 'England_aggr_GPW4_2000_new.nc', 
    # We need to define the variables here 
    vars = ncvar_def(
    name = 'Susceptible', 
    units = var$units, 
    dim = dim(dat_new))) 

# And write to it 
ncvar_put(
    nc = file_new, 
    varid = 'Susceptible', 
    vals = dat_new) 

# Finally, close the file 
nc_close(file_new) 

---

更新： 另一种方法是使用光栅包，如下所示。我没有弄清楚如何制作4D光栅堆栈，所以我将每个变量的数据分成一个NCDF文件。这对你有用吗？

#install.packages('ncdf4') 
library(ncdf4) 
library(raster) 

var_names <- c('Susceptible', 'Infected', 'Recovered', 'Inhabitable') 

for (var_name in var_names) { 

    # Create raster stack 
    x <- stack(
    raster('England_aggr_GPW4_2000_0001.nc', varname = var_name), 
    raster('England_aggr_GPW4_2000_0002.nc', varname = var_name)) 

    # Name each layer 
    names(x) <- c('01', '02') 

    writeRaster(x = x, 
       filename = paste0(var_name, '_out.nc'), 
       overwrite = TRUE, 
       format = 'CDF') 
}