使用matshow插入行和/或列之间的间隙

Question

我希望能引入类似于R的pheatmapgaps_row或gaps_col参数的热图中的特定行/列之间的间隙。但是，粗略搜索后，此功能似乎不可用。我曾考虑通过创建具有特定大小的不同轴来模拟此行为，但正确地确定其位置将会非常棘手。有没有更简单的方法来模拟此功能？

例如：

从这question

Answer 1

这里是重现matplotlib上图中的码。

import matplotlib.pyplot as plt 
import numpy as np; np.random.seed(0) 

a = np.random.poisson(lam=5, size=(10*5, 4*3)) 

fig, axes = plt.subplots(nrows=5, ncols=4+1, figsize=(6.5,7), 
         gridspec_kw={"width_ratios":4*[1] + [0.2]}) 

kw = dict(aspect="auto",vmin=a.min(), vmax= a.max()) 
for i in range(5): 
    for j in range(4): 
     im = axes[i,j].imshow(a[10*i:10*i+10,3*j:3*j+3], **kw) 
     axes[i,j].tick_params(axis=u'both', which=u'both',length=0) 
     axes[i,j].set_xticklabels([]) 
     axes[i,j].set_yticklabels([]) 

ylabels=["gene {:02d}".format(i+1) for i in range(50)] 
xlabels=["treatment {:02d}".format(i+1) for i in range(12)] 
clabels=["{:02d}".format(i+1) for i in range(5)] 
for i in range(5): 
    axes[i,4].set_facecolor(plt.cm.Set2(i/8.)) 
    axes[i,4].text(0.5,.5, clabels[i], rotation=-90, color="w", 
        transform=axes[i,4].transAxes, 
        ha="center", va="center", fontweight="bold", fontsize=9) 
    axes[i,4].tick_params(axis=u'both', which=u'both',length=0) 
    axes[i,4].set_xticklabels([]) 
    axes[i,4].set_yticklabels([]) 
    axes[i,0].set_yticks(range(10)) 
    axes[i,0].set_yticklabels(ylabels[i*10:i*10+10], fontsize=7) 

for j in range(4): 
    axes[4,j].set_xticks(range(3)) 
    axes[4,j].set_xticklabels(xlabels[j*3:j*3+3], fontsize=9, rotation=90) 
axes[4,4].set_xticks([0.5]) 
axes[4,4].set_xticklabels(["category"], fontsize=9, rotation=90, fontweight="bold")  

cax = fig.add_axes([0.9,0.5,0.03,0.44]) 
fig.colorbar(im, cax=cax) 


plt.subplots_adjust(bottom=0.2, top=0.94, right=0.86) 
plt.show() 

如果不是所有的行或列中具有相同数目的数据点，但如果数据点沿着一行或一列相同，该解决方案将仍然正常工作。然后您需要调整gridspec的height_ratios或width_ratios，例如，如果第二列具有沿x方向，而不是3 5个数据点，你会打电话

gridspec_kw={"width_ratios":[3,5,3,3,1]} 

OFG过程中的循环将需要适应占不同数量的蜱等