R破坏了“dyld：Library not loaded：@ rpath/libpcre.1.dylib”

我试图按照Brew doctor: dyld: Library not loaded & Error: No available formula for zlib，但它没有帮助。我有我的R今天早些时候工作，但我通过conda（我R如何最初安装的），我现在得到以下错误安装r-essentials：R破坏了“dyld：Library not loaded：@ rpath/libpcre.1.dylib”

$ which R 
/Users/jespinoz/anaconda/bin/R 

$ /Users/jespinoz/anaconda/bin/R 
dyld: Library not loaded: @rpath/libpcre.1.dylib 
    Referenced from: /Users/jespinoz/anaconda/lib/R/lib/libR.dylib 
    Reason: image not found 
Trace/BPT trap: 5

来源

2016-07-19 O.rka

我最终删除我的整个蟒蛇目录，并重新安装:(

事后，我意识到我需要做一个shell脚本只是柜面什么奇怪的事情，我需要重新安装一切。每次我安装新的模块，我认为将是有用的，我只是把它添加到这里。

这里是我所有的Python和R包：

# Python 
conda install xarray --yes 
conda install holoviews --yes 
conda install seaborn --yes 
conda install scikit-learn --yes 
conda install scikit-image --yes 
conda install -c https://conda.anaconda.org/biocore scikit-bio --yes 
conda install dill --yes 
conda install pandas --yes 
conda install numpy --yes 
conda install networkx --yes 
conda install scipy --yes 
pip install fastcluster 
conda install -c jjhelmus tensorflow=0.8.0rc0 --yes 
conda install bokeh --yes 
conda install BioPython --yes 
conda install tqdm --yes 
pip install git+https://github.com/pymc-devs/pymc3 
conda install dask --yes 
conda install numba --yes 
pip install nbopen 
pip install nbextensions 
pip install https://github.com/ipython-contrib/IPython-notebook-extensions/tarball/master 
conda install html5lib --yes 
pip install selenium 
conda install phantoms --yes 
pip install pubchempy —yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/rdkit rdkit --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioservices --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/ales-erjavec orange-bioinformatics 
pip install plotly 
pip install ete3 

# R 
conda install -c r r --yes 
conda install -c r r-essentials --yes 
conda install -c r r-rserve --yes 
conda install -c r r-devtools --yes 
conda install -c r r-rcurl --yes 
conda install -c r r-RJSONIO --yes 
conda install -c r r-jpeg --yes 
conda install -c r r-png --yes 
conda install -c r r-roxygen2 --yes 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/bioconda bioconductor-edger --yes

来源

2016-07-20 23:17:29

same here !!!!!!!! –

发生在我的工作电脑和我的个人电脑上。两种解决方案都是相同我明白了。我制作了一个shell脚本，其中包含我需要的所有模块，因此我可以运行它并下载所有这些模块。基本上就像'conda install xarray -yes' next line'pip install fastcluster'等。 –

我从这个stackoverflow问题的注释（http：// stackoverflow。com）解决了这个问题。“conda install -cr r-irkernel zeromq” com/questions/38387027 /无法加载irkernel-in-jupyter-notebook） –

文件libpcre.1.dylib不是@rpath

我发现libpcre.1.dylib从的/ opt/local/lib目录/ 并取得符号链接，畅达放的r库，在我的情况

~/anaconda/lib/R/lib

如果你也有类似的情况下，这些命令2和f新修改应该可以帮到你

cd /Users/you_username/anaconda/lib/R/lib 

ln -s /opt/local/lib/libpcre.1.dylib libpcre.1.dylib

然后问题就解决了。

我的主题是，当你已经在你的计算机中安装了R时，以后再将r-essentials添加到anaconda insatll中，请不要将libpcre.1.dylib添加到安装中，因为它已经存在。但是当完成时没有更新@rpath。

来源

2016-08-15 17:12:21 tonu

感谢您的帮助。我不能再尝试它，因为它已经在工作，但这对其他人肯定会有用。 –

'ln -s /opt/local/lib/libpcre.1.dylib libpcre.1.dylib'破坏了这个。我该如何解决这个问题？ –

它打破了我的整个R :( –

R破坏了“dyld：Library not loaded：@ rpath/libpcre.1.dylib”

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