格式化蟒子命令popen方法

我试图格式化以下awk命令格式化蟒子命令popen方法

awk -v OFS="\t" '{printf "chr%s\t%s\t%s\n", $1, $2-1, $2}' file1.txt > file2.txt

在蟒子POPEN使用。不过，我很难格式化它。我尝试了类似答案中提出的解决方案，但都没有工作。我也尝试使用原始字符串文字。此外，我不希望使用壳=真，因为这是不推荐

根据评论

编辑：我试过命令是

awk_command = """awk -v OFS="\t" '{printf "chr%s\t%s\t%s\n", $1, $2-1, $2}' file1.txt > file2.txt""" 
command_execute = Popen(shlex.split(awk_command))

但是我在执行这个

出现以下错误

KeyError: 'printf "chr%s\t%s\t%s\n", $1, $2-1, $2'

google搜索错误提示，当请求为未定义键的值出现这种情况，但我不明白这里的上下文

来源

2015-01-16 pd0321

欢迎来到SO！你向我们展示了你想要的，但不是你得到的，也不是产生它的代码。如果没有其他信息，我们很难帮助。 – AlG

从python中清除awk就像是将相机指向电视机，从另一台电视机上观看。你看过're'模块吗？ –

你应该使用原始字符串文字：比较：'print（r'“\ t”'）'与'print（'“\ t”'）''。 – jfs

最简单的方法，特别是如果你想保持输出重定向的东西，是subprocess与shell=True - 那么你只需要转义Python特殊字符。该行作为一个整体将由默认shell解释。
- 警告：不要将此与不受信任的输入一起使用，而不要先将其消毒！
或者，也可以代替用argv型序列中的命令行和饲料，为subprocess代替。然后，你需要提供的东西，该程序会看到它：
- 删除所有的外壳层逸出
- 删除输出重定向的东西，做重定向你自己，而不是

关于具体问题：

你没有转义python字符串中的特殊字符\t和\n成了文字标签和换行符（尝试print awk_command）使用
shlex.split是shell=True没有什么不同 - 与添加的不可靠性，因为它不能保证是否会解析字符串以同样的方式在你的shell会在每一种情况下（不提到外壳缺乏变化）。
- 具体来说，它不知道或关心的重定向部分的特殊含义：
```
>>> awk_command = """awk -v OFS="\\t" '{printf "chr%s\\t%s\\t%s\\n", $1, $2- 1, $2}' file1.txt > file2.txt""" 
>>> shlex.split(awk_command) 
['awk','-v','OFS=\\t','{printf "chr%s\\t%s\\t%s\\n", $1, $2-1, $2}','file1.txt','>','file2.txt'] 
```

所以，如果你想使用shell=False，做构建参数列表你自己。

来源

2015-01-16 14:32:20

我试图避免shell = True。另外根据后面的编辑我使用shlex.split（）应该相应地拆分它，但不知何故我得到Keyerror，我无法调试它的原因在这里。 – pd0321

嘿，非常感谢评论。我想我的紧迫感我会去使用shell = True，但即使如此，我也无法让它工作。我用shell = True的命令是'Popen（“”“awk -v OFS =”\\ t“'{printf'chr％s \\ t％s \\ t％s \\ n'，$ 1，$ 2 -1，$ 2}'file1.txt> file2.txt“”“，shell = True）'不过，我想用％s的部分没有正确地翻译awk – pd0321

单引号内有单引号。 –

>是shell重定向操作符。为了实现它在Python，使用stdout参数：

#!/usr/bin/env python 
import shlex 
import subprocess 

cmd = r"""awk -v OFS="\t" '{printf "chr%s\t%s\t%s\n", $1, $2-1, $2}'""" 
with open('file2.txt', 'wb', 0) as output_file: 
    subprocess.check_call(shlex.split(cmd) + ["file1.txt"], stdout=output_file)

为了避免启动一个单独的进程，你可以实现在纯Python这个特殊awk命令。

来源

2015-01-16 19:05:38 jfs

格式化蟒子命令popen方法

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