k-means集群着色ggplot的plotmatrix？

我正在尝试使用ggplot2创建一个包含6个数据变量的对图，并根据它们所属的k-均值聚类对这些点进行着色。我阅读了令人印象深刻的“GGally”套装的文档以及Adam Laiacano的非正式修复[http://adamlaiacano.tumblr.com/post/13501402316/colored-plotmatrix-in-ggplot2]。不幸的是，我找不到任何方法来获得所需的输出。k-means集群着色ggplot的plotmatrix？

下面是一个示例代码： -

#The Swiss fertility dataset has been used here 

data_ <- read.csv("/home/tejaskale/Ubuntu\ One/IUCAA/Datasets/swiss.csv", header=TRUE) 
data_ <- na.omit(data_) 

u <- c(2, 3, 4, 5, 6, 7) 
x <- data_[,u] 
k <- 3 
maxIterations <- 100 
noOfStarts <- 100 
filename <- 'swiss.csv' 

library(ggplot2) 
library(gridExtra) 
library(GGally) 

kmeansOutput <- kmeans(x, k, maxIterations, noOfStarts) 

xNew <- cbind(x[,1:6], as.factor(kmeansOutput$cluster)) 
names(xNew)[7] <- 'cluster' 
kmeansPlot <- ggpairs(xNew[,1:6], color=xNew$cluster) 

OR 

kmeansPlot <- plotmatrix(xNew[,1:6], mapping=aes(colour=xNew$cluster))

两个图的创建，但根据簇不着色。

希望我没有错过在论坛上回答这个问题，并且如果确实如此，我表示歉意。任何帮助将不胜感激。

谢谢！

来源

2012-07-16 tejas_kale

你可以用普通的plot命令来做到这一点，也可以在'col'参数中传递clusterID。 – 2012-07-16 12:38:54

谢谢你的回答，@ThomasJungblut。但我不确定我完全理解它。你是否建议使用方面？我尝试使用http://stackoverflow.com/questions/1313954/plotting-two-vectors-of-data-on-a-ggplot2-scatter-plot-using-r上的示例来玩facet_grid。尽管他们没有达到我的目的。一个最小的例子会对我更好地理解你的建议有巨大的帮助。再次感谢！ – 2012-07-16 13:36:27

这只是一个正常的散点图，其中的点由集群着色。查看正常的kmeans文档：http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/kmeans.html在底部：'plot（x，col = cl $ cluster） 'cl $ cluster'是分配给集群的地方。 – 2012-07-16 13:38:12

的plotmatrix2以下略作修改，我工作得很好：

plotmatrix2 <- function (data, mapping = aes()) 
{ 
    grid <- expand.grid(x = 1:ncol(data), y = 1:ncol(data)) 
    grid <- subset(grid, x != y) 
    all <- do.call("rbind", lapply(1:nrow(grid), function(i) { 
     xcol <- grid[i, "x"] 
     ycol <- grid[i, "y"] 
     data.frame(xvar = names(data)[ycol], yvar = names(data)[xcol], 
      x = data[, xcol], y = data[, ycol], data) 
    })) 
    all$xvar <- factor(all$xvar, levels = names(data)) 
    all$yvar <- factor(all$yvar, levels = names(data)) 
    densities <- do.call("rbind", lapply(1:ncol(data), function(i) { 
     data.frame(xvar = names(data)[i], yvar = names(data)[i], 
      x = data[, i]) 
    })) 
    densities$xvar <- factor(densities$xvar, levels = names(data)) 
    densities$yvar <- factor(densities$yvar, levels = names(data)) 
    mapping <- defaults(mapping, aes_string(x = "x", y = "y")) 
    class(mapping) <- "uneval" 
    ggplot(all) + facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free") + 
     geom_point(mapping, na.rm = TRUE) + stat_density(aes(x = x, 
     y = ..scaled.. * diff(range(x)) + min(x)), data = densities, 
     position = "identity", colour = "grey20", geom = "line") 
} 


plotmatrix2(mtcars[,1:3],aes(colour = factor(cyl)))

enter image description here

它可能是一个GGPLOT2版本的问题，但我不得不强迫小面的变量在densities数据帧成为因素（即使在GGally版本中，这似乎也破坏了我）。此外，通常不会将向量传递到aes()，而只是列名称。

来源

2012-07-16 16:01:43 joran

这工作对我来说虽然仍然试图从'默认'开始了解代码的功能。另外，感谢关于'aes（）'的提示。 – 2012-07-20 06:16:08

使用最新的ggplot2版本（iirc 0.9.3.1），这会产生'找不到函数'默认值''。 – bluenote10 2014-11-28 15:29:34

k-means集群着色ggplot的plotmatrix？

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