2012-08-28 158 views
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尝试安装Pytables,我已经安装了几乎全部依赖关系: 然而,当我试图安装pytables:不支持HDF5版本

* Found numpy 1.7.0b1 package installed. 
* Found numexpr 2.0.1 package installed. 
* Found Cython 0.16 package installed. 
* Found HDF5 headers at ``/home/xug/pytables/hdf5/include``, library at ``/home/xug/pytables/hdf5/lib``. 
.. ERROR:: Unsupported HDF5 version! 

什么是“不支持HDF5版”是什么意思?

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问题解决了,因为Pytables至少需要HDF-1.8.4。 – user815408

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很高兴你解决了它!如果您可以将此评论重写为常规答案并将其标记为已接受(所以其他人立即知道这是一个已解决的问题),那将会很好。 – Simon

回答

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尽管问题的作者已经在评论中回答了这个问题,但我认为在这里也可以有一些(也许更详细一些的)答案。

如前所述,问题是由系统范围的HDF5库错误(或缺乏)造成的。就我而言,我解决它通过编写一个新的版本,并在本地安装它:

$ wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.11.tar.bz2 
$ tar xjvf hdf5-1.8.11.tar.bz2 
$ cd hdf5-1.8.11 
$ configure --prefix=~/localroot 
$ make -j 8 
$ make install 

然后需要编译包之前指定的路径,该本地安装:

$ export HDF5_DIR=~/localroot 
$ pip install tables 

最后,~/localroot/lib必须在LD_LIBRARY_PATH为PyTables工作,所以我增加了行

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/localroot/lib 

~/.bashrc