试图用ggplot2的geom_smooth（）

显示原始的和拟合的数据（nls + dnorm）我正在探索一些数据，所以我想要做的第一件事就是尝试适应正常（高斯）分布。这是我第一次在R中尝试这个，所以我一次只采取一步。首先，我预先分级我的数据：试图用ggplot2的geom_smooth（）

myhist = data.frame(size = 10:27, counts = c(1L, 3L, 5L, 6L, 9L, 14L, 13L, 23L, 31L, 40L, 42L, 22L, 14L, 7L, 4L, 2L, 2L, 1L)) 

qplot(x=size, y=counts, data=myhist)

plot1

因为我要计数，我需要添加一个归一化因子（N）按比例增加密度：

fit = nls(counts ~ N * dnorm(size, m, s), data=myhist, start=c(m=20, s=5, N=sum(myhist$counts)))

然后我创建适合显示的数据，一切都很好：

x = seq(10,30,0.2) 
fitted = data.frame(size = x, counts=predict(fit, data.frame(size=x))) 
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_line(data=fitted)

plot2

我很兴奋，当我发现这个线程，其讲述使用geom_smooth（）做这一切一步到位，但我不能得到它的工作：

http://www.mail-archive.com/[email protected]/msg109882.html

这是我尝试...和我所得到的：

ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_smooth(method="nls", formula = counts ~ N * dnorm(size, m, s), se=F, start=list(m=20, s=5, N=300, size=10)) 

Error in method(formula, data = data, weights = weight, ...) : 
    parameters without starting value in 'data': counts

的错误似乎表明，它试图将所观察到的变量，计数，但是这并没有任何意义，而且可预见的怪胎，如果我指定一个计数“启动”太超值了：

fitting parameters ‘m’, ‘s’, ‘N’, ‘size’, ‘counts’ without any variables 

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'counts' not found

任何想法，我做错了吗？当然，这不是世界末日，但更少的步骤总是更好，而且你们总是为这些常见任务提出最优雅的解决方案。

在此先感谢！

杰弗里

来源

2010-12-07 Jeffrey Breen

你提到你正在探索数据。是否有必要使用'nls`？使用一个简单的`ggplot（myhist，aes（x = size，y = counts））+ geom_point（）+ geom_smooth（）`可以让你变得轻松愉快（我相信）。我希望有人会解释如何让`nls`工作，虽然......相当神秘。 – 2010-12-07 22:49:02

我来（不情愿）从自然科学的统计，所以“探索”往往意味着“时间适合高斯！”。尽管如此，我认为我发现了一些很棒的资源，比如利玛窦的“R中的拟合分布”（http://cran.r-project.org/doc/contrib/Ricci-distributions-en.pdf），并且这个答案在fitdistr（）（http://stackoverflow.com/questions/4290081/fitting-data-to-distributions），但没有一个旧的东西使用ggplot2。 – 2010-12-08 16:12:29

第一错误指示GGPLOT2找不到变量“计数”，这是在式中使用，在数据。

统计发生在映射后，即大小 - > x，并计数 - > y。

下面是在使用geom_smooth NLS一个例子：

ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + 
    geom_smooth(method="nls", formula = y ~ N * dnorm(x, m, s), se=F, 
       start=list(m=20, s=5, N=300))

的一点是，使用x和y，代替大小和计数，在式规范。

来源

2010-12-07 23:55:03 kohske

试图用ggplot2的geom_smooth（）

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