排序命令不能按预期工作

如果有人可以帮我编写一个循环来迭代文件夹中的文件，它会为我节省大量的时间。我认为它必须是一个相当简单的解决方案，但我目前不知道如何在循环中嵌套一个循环。到目前为止，我有这个脚本：排序命令不能按预期工作

cd /folderlocation/ 
for i in `</textfile_containing_lines_to_iterate_through` 
do 
#size=`echo $i | perl -nE '/:([\d-]+)/ && say abs(eval $1)'` 
    #echo "$size" 
zcat dataset | head -n 18 > temp"$i".vcf 
tabix dataset $i >> temp"$i".vcf 
vcftools --window-pi 1000000 --vcf temp10individuals"$i".vcf >> run_summary.txt 
cat out.windowed.pi >> outputfile_2 
    #rm temp* 
done 
grep -v "PI" outputfile_2 > outputfile 
rm outputfile_2

我需要扩大这一点，以便将运行该脚本多次，通过所有的“textfiles_containing_lines_to_iterate_through”的。目前，我每次都手动更改文本文件的名称，然后重新运行该脚本。所以我需要一个循环来处理文件夹中的文件，并且使用文件的名称作为输出文件名称的一部分，以便我可以将输出文件与输入文件相匹配。

任何帮助将非常有用，非常感谢！

非常感谢提前。

来源

2012-06-30 user964689

这是什么都做'sort'？ – Shahbaz

您可以像任何其他语言一样嵌套循环。你只是在另一个里面写一个。

让我们先来看看如何通过所有文件循环在当前目录：

for file in * 
do 
    do_something_with $file 
    or_generate ${file}_changed 
done

现在你的整个脚本变为：

cd /folderlocation/ 
for f in * 
do 
    for i in `<$f` 
    do 
    #size=`echo $i | perl -nE '/:([\d-]+)/ && say abs(eval $1)'` 
    #echo "$size" 
    zcat dataset | head -n 18 > temp${i}.vcf 
    tabix dataset $i >> temp${i}.vcf 
    vcftools --window-pi 1000000 --vcf temp10individuals${i}.vcf >> run_summary.txt 
    cat out.windowed.pi >> outputfile_2 
    #rm temp* 
    done 
    grep -v "PI" outputfile_2 > output_${file} 
    rm outputfile_2 
done

来源

2012-06-30 15:17:09 Shahbaz

似乎没有工作，管道没有输入，是否有一个简单的方法来测试如果f *中找到文件？ – user964689

写完第一个'do'后，写'echo $ f'来检查。 – Shahbaz

我个人从来没有在''<... \''之前看过'<...'，因此我不知道这是否正确，但是您也可以始终使用'for i in \'cat $ f'' – Shahbaz

遍历文件的文件夹中，

for i in folder/*; 
do <whateveryouwanttodo>; 
done;

希望这有助于。 :)

来源

2012-06-30 15:13:23 abhshkdz

排序命令不能按预期工作

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