树形图高度太长

我使用下面的R代码获得一些数据的热图;热图在列的顶部显示树形图，但我宁愿让树形图的长度更短，以便有一些长柱标签在热图底部留下了足够的空间。有什么方法可以调整树状图的长度吗？树形图高度太长

<- heatmap.2(t(mully), scale="none", Rowv=F, 
    col = myCol, 
    breaks = myBreaks, 
    dendrogram="row", 
    margins=c(0.55,8.4), cexRow=0.68, cexCol=0.9, key=FALSE, 
    labCol =NULL, 
    trace="none")

我很乐意为您提供帮助。

詹姆斯

来源

2012-08-13 James Johnson

你会很高兴得到一些帮助，我们很乐意有一些数据可以使用。请参阅：http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example – 2012-08-13 03:21:56

您可以尝试pheatmap包绘制热图。

pheatmap(t(mully), colors = myCol, breaks = myBreaks)

如果矩阵太大适当融入绘图窗口，那么你就可以修复细胞的高度和宽度，并将结果写入到文件中。这确保了情节的所有相关部分都将可见。

pheatmap(t(mully), colors = myCol, breaks = myBreaks, cellheight = 10, 
    cellwidth = 10, filename = "example.png")

来源

2012-08-14 07:09:53

非常感谢Raivo。 pheatmap工作得非常好！我非常感谢你的帮助。出于某种原因，我的第一次尝试只是给我一个只有蓝色的热图;然后我将“color = mycol”更改为“col = mycol”，我可以看到所有五种定义的颜色。我不知道它为什么起作用。无论如何，我的问题现在已经解决了。非常感谢！ – 2012-08-15 04:15:26

树形图高度太长

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