使用从Rcpp中的其他包的C函数

我想从C++函数中的cubature包中调用C例程以执行多维集成。使用从Rcpp中的其他包的C函数

我试图重现基础研发的例子是

library(cubature) 
integrand <- function(x) sin(x) 
adaptIntegrate(integrand, 0, pi)

我可以称之为从RCPP该R功能以下this recipe from the gallery，但会有一些性能损失，转换从C/C来回++到R.从C++直接调用C函数似乎更明智。

C例程adapt_integrate从cubature出口与

// R_RegisterCCallable("cubature", "adapt_integrate", (DL_FUNC) adapt_integrate);

我不知道如何将它从C++调用然而，。这是我的跛脚尝试，

sourceCpp(code = ' 
#include <Rcpp.h> 
using namespace Rcpp; 

// [[Rcpp::export]] 
double integrand(double x){ 
return(sin(x)); 
} 

// [[Rcpp::depends(cubature)]] 
// [[Rcpp::export]] 
Rcpp::List integratecpp(double llim, double ulim) 
{ 
    Rcpp::Function p_cubature = R_GetCCallable("cubature", "adapt_integrate"); 

    Rcpp::List result = p_cubature(integrand, llim, ulim); 
    return(result); 
} 
' 
) 

integratecpp(0, pi)

这不能编译;显然我正在做一些非常愚蠢的事情，并且错过了将R_GetCCallable的输出转换为Rcpp::Function（或直接调用它？）的一些重要步骤。我读过几篇涉及函数指针的相关文章，但还没有看到使用外部C函数的例子。

来源

2013-12-09 baptiste

可惜cubature不出货的头在inst/include，所以你不得不借，从他们做这样的事情在你的代码：

typedef void (*integrand) (unsigned ndim, const double *x, void *, 
      unsigned fdim, double *fval); 

int adapt_integrate(
    unsigned fdim, integrand f, void *fdata, 
    unsigned dim, const double *xmin, const double *xmax, 
    unsigned maxEval, double reqAbsError, double reqRelError, 
    double *val, double *err) 
{ 
    typedef int (*Fun)(unsigned,integrand,void*,unsigned, 
     const double*,const double*, unsigned, double, double, double*, double*) ; 
    Fun fun = (Fun) R_GetCCallable("cubature", "adapt_integrate") ;   
    return fun(fdim,f,fdata,dim,xmin,xmax,maxEval,reqAbsError, reqRelError,val,err); 
}

这可能是与维护者negociate一个好主意cubature，他在inst/include中发送声明，以便您只需使用LinkingTo。

来源

2013-12-09 16:51:44

非常感谢组装这些缺失的部分。不幸的是，我将不得不重新思考这个问题，因为从我看到的'adapt_integrate'将不会轻易接受使用armadillo的数据结构定义的integrand。为了完整性，您能否添加一个最小的使用示例？ – baptiste

它给你的是访问'cubature'注册的函数指针。我不知道你应该怎么处理C函数...... –

确实，[考虑使用示例]（http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php/Cubature#例子）我看到麻烦了：'adapt_integrate_v'需要指向诸如'* fdata'之类的对象，被积函数期望指针如'* fval'，而我真正想要传递的参数是eg 'arma :: colvec'对象。我认为我不能在两者之间架起一座桥梁。我可能必须坚持使用R级接口，或者在C++中实现我自己的2D正交。 – baptiste

以前没有看到这个问题，它看起来像@Romain解决它。

为了完整起见，xts和RcppXts软件包提供了一个有关各方如何操作的工作示例。在xts，我们这样做（大约十功能）在（源）文件inst/include/xtsAPI.h：

SEXP attribute_hidden xtsLag(SEXP x, SEXP k, SEXP pad) {  
    static SEXP(*fun)(SEXP,SEXP,SEXP) = NULL;   
    if (fun == NULL)         
     fun = (SEXP(*)(SEXP,SEXP,SEXP)) R_GetCCallable("xts","lagXts"); 
    return fun(x, k, pad);        
}

与R_registerRoutines和R_RegisterCCallable平时的业务一起。

在RcppXts此作为

function("xtsLag", 
     &xtsLag,  
     List::create(Named("x"), Named("k"), Named("pad")), 
     "Extract the coredata from xts object");

其工作得很好拾取（在RCPP模块）。有人谴责我写xts方更紧凑（因为if NULL是虚假的），我最终会......。

来源

2013-12-09 19:33:19

感谢指针，不幸的是，这是一个情况下，两个代码段之间的适当粘合会花费我更多的时间和痛苦，而不是实际使用较慢的R实现进行计算。否则，我会考虑直接链接到原始的容量代码，而不是通过使用旧版本的R软件包。 – baptiste

这个问题已经三岁，但现在我要指出的是，与RCPP多维的整合可能会更容易使RcppNumerical库可： https://github.com/yixuan/RcppNumerical

计算积分的程序是基于托马斯·哈恩的古巴包并且也可在CRAN的R2Cuba库中找到，因此如果您可以接受使用Cubature的功能adaptIntegrate()的古巴例程，则可能需要此包。

来源

2016-12-11 19:54:53 user31313

感谢您的指针。不过，最好将它保留为注释，因为问题不是专门关于集成，而是关于从另一个包中访问C函数的问题。尽管我很欣赏这个链接，但我最终使用了我自己的复制版本，但是这看起来像是一个值得选择的选择（尤其是如果已经使用了Eigen，但我已经习惯了Armadillo）。立方体的一个优点是能够处理向量值的被积函数。 – baptiste

使用从Rcpp中的其他包的C函数

回答

相关问题