Biopython通过FASTA迭代不起作用？

Question

我是编程领域的新手，我试图掌握python循环背后的结构和逻辑。可能有人请向我解释，为什么这件事情不工作：

from Bio.SeqUtils import GC 
from Bio import SeqIO 
i = 0 
record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta"), "fasta")% i 
for x in record.seq: 
    print GC(record.seq) 
    i+=1 

上面的代码产生以下错误：

IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'group_%d.fasta') 

Answer 1

你只需要字符串格式化有点不对劲。

此：

record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta"), "fasta")% i 

应该是：

record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta" % i), "fasta") 

我会移动那个东西一with语句中，以确保该文件实际上是正确关闭。

with open("group_%d.fasta" % i, "r") as fasta: 
    record = SeqIO.read(fasta, "fasta") 

Answer 2

线

record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta"), "fasta")% i 

不会做的事情在你认为的顺序。它尝试的第一件事是：

open("group_%d.fasta") 

这会失败，并显示错误。您需要将括号内的格式参数：

record = SeqIO.read(open("group_%d.fasta" % i), "fasta") 

，或者更好，切换到更现代str.format：

record = SeqIO.read(open("group_{0:d}fasta".format(i)), "fasta") 

这使得它更清晰，其中格式化参数应该去。