如何在Bash中创建一个循环来搜索一组.gz文件

Question

我正在使用OS X El Capitan V10.11.3。

我能够获得与测试文件一起使用的语法，但在一组.gz文件中使用它却很困难。

他的工作是测试文件：

#!/bin/bash 
while read p; do 
    grep $p test2.txt>> final.txt 
done <test3.txt 

我试图写一个循环来搜索在“test3.txt”文件中使用的SNP清单超过30 .gz文件解

#!/bin/bash 
while read p; do 
grep $p zcat chunk?-chr*.imputed.info.gz >> Final.txt 
done <test3.txt 

。

的test3.txt文件具有在.gz文件解代表1个SNP。当我运行上面的语法会创建一个文件proxy_imputed.txt，但不拉SNP。

有什么想法？

Answer 1

我是在同一平台上，但不能让你的语法的工作 - 这似乎达到预期的效果（称之为findString.sh）：

：

#!/bin/bash 

while read p ; do 
    gzcat *.gz | grep $p >> Final.txt; 
done 

当一个像运行

./findString.sh < test3.txt 

不知道我是否在正确的轨道上，但似乎工作。注意我必须使用gzcat来读取gzip文件，zcat正在寻找* .Z