使用该系统运行多个存在的R脚本（）命令

我正在RStudio在Windows 7我写了一个主脚本生成57个新的R脚本，每个运行基于两个参数的函数命令：使用该系统运行多个存在的R脚本（）命令

vector1 <- c(1:19) 
vector2 <- c(1:3)

首先，主脚本使用两个for循环（使用索引“ABC”的向量1，一个一个使用索引“高清”为vector2）产生在我的工作目录每57个脚本采用以下文件名约定：

run_inference_<<vector1[abc]>>_<<vector2[def]>>.R

该部分成功运行 - 每个57脚本都使用正确的命令生成。我的工作目录现在包含文件run_inference_1_1.R，run_inference_1_2.R等

我想要做的，然后从我的主运行所有57个脚本，同时的最后一件事。我在for循环中尝试了以下内容：

system(paste0("Rscript run_inference_",abc, "_", def, ".R"),wait = F)

这不起作用。但是，如果我打开57个生成的脚本之一并运行它，那么我将从该脚本中获得所需的结果。这告诉我这个问题在我写的system（）命令中。

57个脚本中的每一个脚本都不是计算密集型的，但我现在要做的测试需要2分钟。如何编辑我的system（）命令同时执行所有57个脚本？

来源

2017-09-22 tfmunkey

'sapply（paste0（ “RSCRIPT run_inference _”，美国广播公司， “_”，闪避， “.R”），系统等待= F）'没有评论时是否生成并运行57脚本是一个很好的想法或不是你的问题。 – Vlo

我的确反映了Vlo的不言自明的担忧，即可能有更好的方法来做到这一点。为什么你想写出脚本，而不是像做一个功能那样需要输入所需的功能，而只是用你想要的57个不同的输入来运行那个功能？ – Dason

我拥有资源充足的个人电脑，应该能够处理非常密集的工作，而熟悉并行计算的同事告诉我，考虑到可用的情况，这个任务应该是可行的。我们将看到！ – tfmunkey

除非您正在运行的程序知道如何平行化脚本本身，否则您不需要使用大脚本调用system一次。您可以通过从不同的R流程多次调用system来完成此操作。

scripts <- paste0("Rscript run_inference_", abc, "_", def, ".R") 

# make lots of R processes, assuming the script to be called won't eat CPU 
cl <- parallel::makeCluster(30) 

parallel::parLapply(cl, scripts, function(script) system(script)) 
parallel::stopCluster(cl)

来源

2017-09-22 17:56:26

谢谢。我会试验一下，看看它是如何发展的。像这样的大型工作对我来说是新的，所以这是一场伟大的'火灾的洗礼'，就像它一样。 – tfmunkey

使用该系统运行多个存在的R脚本（）命令

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