如何在regex模式之前和之后的正则表达式搜索后添加换行符返回？

我有一个包含一些DNA序列的文本文件。这是在一条线上，但我想分成多行。如何在regex模式之前和之后的正则表达式搜索后添加换行符返回？

>JH739887TTTACAATGTATAATAGAAACTAAAACTGAAATGTTAATCTTGAAATTTAAGAATCTTCAAAAATGTTTAAGTGGTGATAATCTCCCCAGTGTGAGAAACACACTTGGAAGGAAGTCACAAGTCAAATTTAGATTTGTTGCTTAATAATGGATTTGTAAGTATTATCAAATACTCAAGCACtaaggaaacaggaaaatctgaaatgttCACTTGCTTCTAAACATTTGCAGCCGAGTCCAACTTACACAGGGTAAGATGAGTTTTACAGACAGACACTATTTGTTATTAGGTCAGCTACAGTAAGTGAAAAAACTCACCTCTTTAAGTCTGATAAAGTAGCAGAAagtcatattttaaatatcagtaTAAACAAATGCTCTAAGTTTGGAAATGTTAATCTTGAAAGAACCTTCAAAAACATTTAAGTGCTGGTTATCTCCCCAGTGTGT>JH739882TTTACAATGTATAATAGAAACTAAAACTGAAATGTTAATCTTGAAATTTAAGAATCTTCAAAAATGTTTAAGTGGTGATAATCTCCCCAGTGTGAGAAACACACTTGGAAGGAAGTCACAAGTCAAATTTAGATTTGTTGCTTAATAATGGATTTGTAAGTATTATCAAATACTCAAGCACtaaggaaacaggaaaatctgaaatgttCACTTGCTTCTAAACATTTGCAGCCGAGTCCAACTTACACAGGGTAAGATGAGTTTTACAGACAGACACTATTTGTTATTAGGTCAGCTACAGTAAGTGAAAAAACTCACCTCTTTAAGTCTGATAAAGTAGCAGAAagtcatattttaaatatcagtaTAAACAAATGCTCTAAGTTTGGAAATGTTAATCTTGAAAGAACCTTCAAAAACATTTAAGTGCTGGTTATCTCCCCAGTGTGT

我想要的文件分开我能看的地方：

grep '>[A-Z]\{2\}[0-9]\{6\}' ~/Desktop/text2.txt

正规表达式 “> [AZ] {2} [0-9] {6}”寻找模式">JH######。

但每当我使用SED命令添加前和正则表达式搜索后回传，这是行不通的：

sed '/>[A-Z]\{2\}[0-9]\{6\}/a/b\ 
\n' ~/Desktop/text2.txt

这是错误我：

sed: 1: "/>[A-Z]\{2\}[0-9]\{6\}/ ...": command a expects \ followed by text

下面的命令正在运行，但没有给出预期的结果：

sed '/>[A-Z]\{2\}[0-9]\{6\}/a\ 
\n' ~/Desktop/text2.txt

这是我期待的结果（t他第一行不应该收到回报，但对于比赛的其余部分应之前和之后，该行返回¬这里包括为清楚起见）有一个行返回：

>JH739887¬ 
TTTACAATGTATAATAGAAACTAAAACTGAAATGTTAATCTTGAAATTTAAGAATCTTCAAAAATGTTTAAGTGGTGATAATCTCCCCAGTGTGAGAAACACACTTGGAAGGAAGTCACAAGTCAAATTTAGATTTGTTGCTTAATAATGGATTTGTAAGTATTATCAAATACTCAAGCACtaaggaaacaggaaaatctgaaatgttCACTTGCTTCTAAACATTTGCAGCCGAGTCCAACTTACACAGGGTAAGATGAGTTTTACAGACAGACACTATTTGTTATTAGGTCAGCTACAGTAAGTGAAAAAACTCACCTCTTTAAGTCTGATAAAGTAGCAGAAagtcatattttaaatatcagtaTAAACAAATGCTCTAAGTTTGGAAATGTTAATCTTGAAAGAACCTTCAAAAACATTTAAGTGCTGGTTATCTCCCCAGTGTGT¬ 
>JH739882¬ 
TTTACAATGTATAATAGAAACTAAAACTGAAATGTTAATCTTGAAATTTAAGAATCTTCAAAAATGTTTAAGTGGTGATAATCTCCCCAGTGTGAGAAACACACTTGGAAGGAAGTCACAAGTCAAATTTAGATTTGTTGCTTAATAATGGATTTGTAAGTATTATCAAATACTCAAGCACtaaggaaacaggaaaatctgaaatgttCACTTGCTTCTAAACATTTGCAGCCGAGTCCAACTTACACAGGGTAAGATGAGTTTTACAGACAGACACTATTTGTTATTAGGTCAGCTACAGTAAGTGAAAAAACTCACCTCTTTAAGTCTGATAAAGTAGCAGAAagtcatattttaaatatcagtaTAAACAAATGCTCTAAGTTTGGAAATGTTAATCTTGAAAGAACCTTCAAAAACATTTAAGTGCTGGTTATCTCCCCAGTGTGT¬

来源

2017-11-10 M. Beausoleil

试试这个：

sed 's/>[A-Z]\{2\}[0-9]\{6\}/\n&\n/g;s/^\n//' file

s/>[A-Z]\{2\}[0-9]\{6\}/\n&\n/g：前和每一个匹配串后添加换行符
s/^\n//：除去换行符在第一行中添加

来源

2017-11-10 20:14:32 SLePort

这是打印的东西，但它不会添加行返回：'n> JH739887nTTTA'。这是我得到的前几个字符的结果 –

你在Mac上？ – SLePort

是的，这有什么不同？它仅适用于Linux吗？ –

我恨SED但它是一个有趣的挑战：

sed -nE ' 
    :loop 
     s/./&/ 
     tcontinue 
     bnext 

    :continue 
     h 
     s/(^>[A-Z]{2}[0-9]{6}).*/\1/ 
     p 

     g 
     s/^>[A-Z]{2}[0-9]{6}// 

     h 
     s/>[A-Z]{2}[0-9]{6}.*// 
     p 

     g 
     s/[^>]+// 
     tloop 
    :next 
' file

这是这样一个有趣的挑战，理解这个程序就留给读者自己练习。

来源

2017-11-10 21:45:49

随着GNU的grep，你可以写

grep -oP '>[A-Z]{2}\d{6}|(?<=>.{8})[^>]+' file

但你可能没有你的Mac上的grep GNU。尝试普通perl

perl -pe 'chomp; s/(>[A-Z]{2}\d{6})([^>]+)/$1\n$2\n/g' file

来源

2017-11-10 21:52:47

如何在regex模式之前和之后的正则表达式搜索后添加换行符返回？

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