awk解析输入并删除字段中的文本

Question

尝试使用awk解析文件，但没有获得所需的输出，我似乎无法弄清楚。谢谢 ：）。

input.txt中

chr1 955543 955763 AGRN-6|pr=2|gc=75 0 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7|pr=3|gc=61.2 0 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8|pr=1|gc=57.1 0 + 

电流output.txt的

chr1 955543 955763 AGRN-6 pr=2 gc=75 0 + 

chr1 957571 957852 AGRN-7 pr=3 gc=61.2 0 + 

chr1 970621 970740 AGRN-8 pr=1 gc=57.1 0 + 

期望output.txt的（|pr=2|gc=75 0，和线条之间的空间）从输出除去

chr1 955543 955763 AGRN-6 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8 + 

这是我曾尝试：

awk -F"[*|]" '{print $1, $2, $3, $4, $5, $6,}' input.txt > output.txt 

Answer 1

你可以这样做：

awk -F '[[:blank:]]+|\\|' '{print $1, $2, $3, $4, $NF}' 

这就给了你想要的领域，但它不留间隔。这将：

awk '{sub(/\|[^[:blank:]]+[[:blank:]]+[0-9]+/, ""); print }' <<END 
chr1 955543 955763 AGRN-6|pr=2|gc=75 0 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7|pr=3|gc=61.2 0 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8|pr=1|gc=57.1 0 + 
END 

chr1 955543 955763 AGRN-6 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8 + 

Answer 2

也许最简单的解决方案：

awk -F"|" '{print $1" +"}' input.txt > output.txt 

在此解决方案，然而，后 “+” 被手动添加。输出：

chr1 955543 955763 AGRN-6 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8 + 

否则，请尝试

awk -F"[| ]+" '{print $1, $2, $3, $4, $8}' input.txt > output.txt 

其输出

chr1 955543 955763 AGRN-6 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8 + 

Answer 3

另一种选择（如果你不介意的输出间距）

$ awk '{split($4,a,"|"); print $1,$2,$3,a[1],$NF}' file 
chr1 955543 955763 AGRN-6 + 
chr1 957571 957852 AGRN-7 + 
chr1 970621 970740 AGRN-8 +