2012-10-19 42 views
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最近我尝试编译和一台机器上运行我的MPI代码的MPI Fortran代码错误(Ubuntu的12.04 - 64位酷睿i7 2670 QM)我用下面的配置安装MPICH2 1.2版:一台PC

./configure --prefix=/opt/mpich2 --enable-f77 --enable-fc --enable-cxx --with-device=ch3:sock --with-pm=mpd CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort 2>&1 | tee configure.log 

安装没问题,我的mpd工作得很好,我用mpd测试了一些例子,都很完美。

我使用mpif77编译我的代码,因为我不知道为什么当我编译mpich2 mpif90时没有创建。但即使使用mpif77,我也可以编译出没有错误的代码。

我使用的编译代码的标志是:

对于编译器:

LN_FLAGS= -lm -larpack -lsparskit -lfftw3 -lrt -llapack -lblas 

对于MPI链接:

LN_FLAGS_MPI= $(LN_FLAGS) -I$(MPIHOME)/include -L$(MPIHOME) $(MPIHOME)/lib/libmpich.a -lfmpich -lopa -lmpe 

所以,问题是当我尝试运行我的机器上的代码:

首先我调用mpd为:

mpd & 

,然后运行该代码:

mpirun -np 4 ./code_mpi 

我尝试了很多的变化为:

mpiexec -np 4 ./code_mpi 
mpirun -n 2 ./code_mpi 
mpiexec -n 2 ./code_mpi 

而且所有结果在相同的错误:

Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack: 
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed 
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator 
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack: 
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed 
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator 
[cli_2]: aborting job: 
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack: 
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed 
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator 
[cli_1]: aborting job: 
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack: 
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed 
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator 
rank 2 in job 1 ubuntu_38132 caused collective abort of all ranks 
    exit status of rank 2: killed by signal 9 
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack: 
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed 
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator 
[cli_3]: aborting job: 
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack: 
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed 
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator 
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack: 
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed 
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator 
[cli_0]: aborting job: 
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack: 
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed 
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator 
rank 1 in job 1 ubuntu_38132 caused collective abort of all ranks 
    exit status of rank 1: return code 1 

我花了将近2周的时间来解决这个问题,因为我真的需要运行这个代码我的个人电脑在家工作。我感谢所有可以帮助我的人!


这里是我初始化MPI库

subroutine init() 
integer      :: provided 
call mpi_init(mpi_err) 
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,rank,mpi_err) 
call mpi_comm_size(mpi_comm_world,an_proc,mpi_err) 
call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD,mpi_err) 
end subroutine init 
+1

您不应该首先启动mpd;你能编译/运行一个简单的MPI“Hello world”,例如http://www.slac.stanford.edu/comp/unix/farm/mpi.html? –

+2

向我们展示这部分初始化MPI库的代码,例如包含调用'MPI_INIT'和'MPI_COMM_RANK'的部分。 –

回答

4

的问题是你的子程序不知道什么mpi_comm_world是。此整数值在mpif.h标题(或f90的mpi模块)中设置。编写代码时,mpi_comm_world由编译器随机分配,与mpi提供的实际mpi_comm_world通信器手柄无关。

通常,最好在您的代码中使用implicit none,它会警告您这些类型的错误。请尝试以下操作:

subroutine init() 
!use mpi !This one is for f90 
implicit none 
include 'mpif.h' !use this for f77 
integer :: provided,rank,an_proc,ierr 
call mpi_init(ierr) 
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,rank,ierr) 
call mpi_comm_size(mpi_comm_world,an_proc,ierr) 
call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD,ierr) 
end subroutine init 
+0

真的很奇怪,因为当我在群集上运行时,我不会收到这个错误。我做了更改,错误继续... –

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