最近我尝试编译和一台机器上运行我的MPI代码的MPI Fortran代码错误(Ubuntu的12.04 - 64位酷睿i7 2670 QM)我用下面的配置安装MPICH2 1.2版:一台PC
./configure --prefix=/opt/mpich2 --enable-f77 --enable-fc --enable-cxx --with-device=ch3:sock --with-pm=mpd CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort 2>&1 | tee configure.log
安装没问题,我的mpd工作得很好,我用mpd测试了一些例子,都很完美。
我使用mpif77编译我的代码,因为我不知道为什么当我编译mpich2 mpif90时没有创建。但即使使用mpif77,我也可以编译出没有错误的代码。
我使用的编译代码的标志是:
对于编译器:
LN_FLAGS= -lm -larpack -lsparskit -lfftw3 -lrt -llapack -lblas
对于MPI链接:
LN_FLAGS_MPI= $(LN_FLAGS) -I$(MPIHOME)/include -L$(MPIHOME) $(MPIHOME)/lib/libmpich.a -lfmpich -lopa -lmpe
所以,问题是当我尝试运行我的机器上的代码:
首先我调用mpd为:
mpd &
,然后运行该代码:
mpirun -np 4 ./code_mpi
我尝试了很多的变化为:
mpiexec -np 4 ./code_mpi
mpirun -n 2 ./code_mpi
mpiexec -n 2 ./code_mpi
而且所有结果在相同的错误:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
[cli_2]: aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
[cli_1]: aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
rank 2 in job 1 ubuntu_38132 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 2: killed by signal 9
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
[cli_3]: aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
[cli_0]: aborting job:
Fatal error in MPI_Comm_rank: Invalid communicator, error stack:
MPI_Comm_rank(106): MPI_Comm_rank(MPI_COMM_NULL, rank=0x14b46a0) failed
MPI_Comm_rank(64).: Null communicator
rank 1 in job 1 ubuntu_38132 caused collective abort of all ranks
exit status of rank 1: return code 1
我花了将近2周的时间来解决这个问题,因为我真的需要运行这个代码我的个人电脑在家工作。我感谢所有可以帮助我的人!
这里是我初始化MPI库
subroutine init()
integer :: provided
call mpi_init(mpi_err)
call mpi_comm_rank(mpi_comm_world,rank,mpi_err)
call mpi_comm_size(mpi_comm_world,an_proc,mpi_err)
call MPI_BARRIER(MPI_COMM_WORLD,mpi_err)
end subroutine init
您不应该首先启动mpd;你能编译/运行一个简单的MPI“Hello world”,例如http://www.slac.stanford.edu/comp/unix/farm/mpi.html? –
向我们展示这部分初始化MPI库的代码,例如包含调用'MPI_INIT'和'MPI_COMM_RANK'的部分。 –