如何使用Ruby将多个CSV文件合并为一个大的CSV文件？

Question

我一直在使用SmarterCSV将bed格式文件转换为csv文件并更改列名称。

现在我已经收集了几个CSV文件，并且希望将它们合并为一个大的CSV文件。

在test3.csv，有三列，chromosome，start_site和end_site将被使用，而其他三个列，binding_site_pattern，score和strand该将被移除。

通过增加三个新列到test3.csv文件时，数据都在transcription_factor列都一样：Cmyc，在cell_type列：PWM，在project_name列：JASPAR。

任何人对此有任何意见？

test1.csv

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name 
Cmyc,GM12878,11,809296,809827,ENCODE 
Cmyc,GM12878,11,6704236,6704683,ENCODE 

test2.csv

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name 
Cmyc,H1ESC,19,9710417,9710587,ENCODE 
Cmyc,H1ESC,11,541754,542137,ENCODE 

test3.csv

chromosome,start_site,end_site,binding_site_pattern,score,strand 
chr1,21942,21953,AAGCACGTGGT,1752,+  
chr1,21943,21954,AACCACGTGCT,1335,- 

希望的组合的结果：

transcription_factor,cell_type,chromosome,start_site,end_site,project_name 
Cmyc,GM12878,11,809296,809827,ENCODE 
Cmyc,GM12878,11,6704236,6704683,ENCODE 
Cmyc,H1ESC,19,9710417,9710587,ENCODE  
Cmyc,H1ESC,11,541754,542137,ENCODE 
Cmyc,PWM,1,21942,21953,JASPAR 
Cmyc,PWM,1,21943,21954,JASPAR 

Answer 1

hs = %w{ transcription_factor cell_type chromosome start_site end_site project_name } 

CSV.open('result.csv','w') do |csv| 
    csv << hs 
    CSV.foreach('test1.csv', headers: true) {|row| csv << row.values_at(*hs) } 
    CSV.foreach('test2.csv', headers: true) {|row| csv << row.values_at(*hs) } 
    CSV.foreach('test3.csv', headers: true) do |row| 
    csv << ['Cmyc', 'PWM', row['chromosome'].match(/\d+/).to_s] + row.values_at('start_site', 'end_site') + ['JASPAR'] 
    end 
end