别名在qsub后不起作用

Question

我在我的home文件夹下安装了R，并且我想在将作业提交给群集时调用新的R。群集节点都安装了CentOS。

下面是我在.bash_profile文件和.bashrc中所做的配置：

if [ `lsb_release -i|cut -c17-20` == 'Cent' ] ; then 
    alias R='/home/XXX/R-3.0.2/bin/R' 
    alias Rscript='/home/XXX/R-3.0.2/bin/Rscript' 
fi 

我加入的.bash_profile如下：

if [ -f ~/.bashrc ]; then 
    source ~/.bashrc 
fi 

我还添加了这所提交的脚本。

source $HOME/.bash_profile 

我试着用qsub -I，它工作的很完美。

但是，我提交作业后，which R仍然显示原始路径！

如何正确设置环境？

Answer 1

别名不影响which命令，例如：

$ which R 
/usr/bin/R 
$ alias R=/bin/date 
$ R 
Sun Jan 5 13:40:54 CET 2014  # as you see the alias works 
$ which R       # `which R` still returns the original path 
/usr/bin/R 

而不是使用别名，我觉得要前置/home/XXX/R-3.0.2/bin到PATH：

PATH="/home/XXX/R-3.0.2/bin:$PATH" 

在此之后，如果R和Rscript存在于/home/XXX/R-3.0.2/bin中，则：

• which R应该返回/home/XXX/R-3.0.2/bin/R
• which Rscript应该返回/home/XXX/R-3.0.2/bin/Rscript

，因为他们将在/home/XXX/R-3.0.2/bin首先发现，在$PATH其余任何其他目录之前。