如何在脱机Debian机器上安装R软件包？

我有一个没有连接到互联网的Debian虚拟机。但是，我仍然可以从我的本地机器上连接互联网的任何文件。为了提供一点点上下文，我试图在VM上托管一个闪亮的应用程序。如何在脱机Debian机器上安装R软件包？

我仍然可以用“的apt-get”命令安装一个老R版本3.1.1：

sudo apt-get update 
sudo apt-get install r-base 
sudo apt-get install r-base-dev

然而，仍然在检查列表找不到“闪亮”套餐：

sudo apt-cache search "^r-.*" | sort

所以，我想我是否可以scp“shiny.tar.gz”到VM并在本地安装软件包？我如何离线安装任何R软件包？

我已经试过喜欢出头：

install.packages('/home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz', repos = NULL, type = "source")

然而，它并没有去通过，并如下错误信息：

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ 
(as ‘lib’ is unspecified) 
Error in type == "both" : 
comparison (1) is possible only for atomic and list types 
Calls: install.packages 
Execution halted

然后，我用另一个 “R CMD” 试了一下：

R CMD INSTALL /home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz

我得到错误信息告诉我，依赖关系丢失：

* installing to library ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’ 
ERROR: dependencies ‘httpuv’, ‘mime’, ‘jsonlite’, ‘xtable’, ‘digest’, ‘htmltools’, ‘R6’ are not available for package ‘shiny’ 
* removing ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/shiny’

如何从源码成功安装闪亮的包？我应该先安装所有依赖关系和依赖关系吗？

来源

2016-04-28 Mark Li

“R CMD INSTALL”命令不会自动查找并安装依赖关系，并且在不满足依赖关系时它将拒绝安装包。可能有一个更简单的方法，但我只是通过它们出现时的依赖关系（httpuv是一个你已经被告知是必需的）并且R CMD将它们逐个安装。他们很容易找到，只需在浏览器中根据您下载闪亮包的链接导航到r项目页面（只需删除最后的闪亮部分），然后搜索您要查找的包。通常需要3分钟左右才能找到所需的所有依赖关系。 – rosscova

Shiny有一些软件包依赖项，“R CMD INSTALL”不会为你找到它们，所以你需要手动获取它们。根据闪亮的描述，它的依赖关系是： 'Rcpp'，'httpuv'，'mime'，'jsonlite'，'xtable'，'digest'，'htmltools'，'R6'。首先，从cran获取软件包（以下是当前版本，但它们会随着时间而改变，下面的注释针对连接到互联网的计算机，在继续之前需要将这些文件scp到离线计算机）：

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.12.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/httpuv_1.3.3.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/mime_0.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/jsonlite_0.9.19.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/digest_0.6.9.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/htmltools_0.3.5.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/R6_2.1.2.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/shiny_0.13.2.tar.gz

然后按照与R CMD INSTALL相同的顺序通过它们。例如：

R CMD INSTALL Rcpp_0.12.4.tar.gz

一旦所有的依赖关系都存在，R CMD INSTALL应该让你安装闪亮。

来源

2016-04-29 04:26:29 rosscova

它完美的作品！谢谢@rosscova！另外，感谢列出所有的“wget”！:) –

要在Debian安装一些包，离线，您可以使用apt-offline：

的apt-下线可以完全更新并没有连接到网络升级APT为基础的分配，它的所有透明的APT。

apt-offline可用于在机器上生成签名（无网络）。此签名包含APT数据库系统所需的所有下载信息。这个签名文件可以在连接到互联网的另一台机器上使用（不需要是Debian盒，甚至可以运行Windows）来下载更新。下载的数据将包含APT可理解格式的所有更新，并且此数据可由apt-offline用于更新非联网机器。

上的脱机OS（Debian的）安装apt-offline然后键入以下命令（导入丢失的钥匙）：

sudo apt-key exportall | sudo gpg --no-default-keyring --import --keyring /etc/apt/trusted.gpg

然后，你需要得到your_package_name签名：

apt-offline set debian-install.sig --install-packages your_package_name

下一步，上传debian-install.sig到在线系统并下载需要的文件。

apt-offline get debian-install.sig --bundle debian-install.zip

将debian-install.zip文件上传到离线系统，使用apt-offline实用程序安装它以更新APT数据库。

sudo apt-offline install debian-install.zip

安装指定的包your_package_name：

sudo apt-get install your_package_name

您可以使用Windows机器tuto

来源

2016-04-29 13:13:44 GAD3R

Thanks @ GAD3R！我以前从未使用过“apt-offline”，但探索它会很好。然而，手动安装依赖关系可能更直截了当。尽管谢谢你的回答！ –

'apt-offline'可以安装程序及其所有依赖 – GAD3R

我明白了。所以，我需要scp“debian-install。sig“到我的在线系统以生成”debian-install.zip“，然后将此zip文件上传回离线系统以完成安装？它可以与任何R软件包一起工作？apt-offline可以找出所有需要的依赖关系并构建压缩文件？ –

您是处于困境下载你的包。 R软件包机制期望你被连接以获得依赖关系。这就是说，你可以得到一些帮助：

R> AP <- available.packages(contrib.url(options("repos")$repos[1])) 
R> revs <- tools::package_dependencies("shiny", AP, recursive=TRUE)[[1]] 
R> revs 
[1] "methods" "utils"  "httpuv" "mime"  
[5] "jsonlite" "xtable" "digest" "htmltools" 
[9] "R6"  "Rcpp"  "tools"  "stats"  
R>

现在，您可以看看AP再次送入download.packages()这一点。

此外，一些（所有？）这些都是在新 Debian的发行版，所以你可以在下载模式使用apt-get（可能使用apt-offline作为其他问题的建议）。

最后，我们提供了Docker container for shiny，所以如果您在虚拟机上使用它，则不需要其他任何东西。

来源

2016-04-29 13:33:54

sudo易于得到更新

命令和apt-get安装R-CRAN消化

我`吨相信的，它是那么容易。我花了很长时间搜索，只得到了不好的答案。这个命令只是解决了一切。我在trisquel上使用它

来源

2018-01-17 17:19:58 user9230920

如何在脱机Debian机器上安装R软件包？

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