AWK：将行写入多个文件

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我试图使用awk从FASTA文件中提取序列。AWK：将行写入多个文件

例如该文件看起来像这样，它包含703个序列。我想提取它们中的每一个来分隔文件。

>sequence_1 
AACTTGGCCTT 
>sequence_2 
AACTTGGCCTT 
. 
. 
.

我使用这个awk脚本：

awk '/>/ {OUT=substr($0,2) ".fasta"}; OUT {print >OUT}'file.fasta

...这工作，但只对16首，然后我得到一个错误说;

.fasta makes too many open files 
input record number 35, file file.fasta 
source line number 1

2013-03-21 jO.

-1谷歌它有点，你会发现的东西。 – 2013-03-21 17:54:44

感谢您编辑格式。相信我，我一整天都在努力为bash oneliner找到不同的解决方案。任何指针，将不胜感激！ – 2013-03-21 18:00:36

不要浪费太多时间来追求在线解决方案。如果你可以用10条线快速解决问题，那就去做吧。 – pynexj 2013-03-22 02:32:13

您需要在完成后关闭文件。尝试：

awk '/>/ {close(OUT); OUT=substr($0,2) ".fasta"}; OUT {print > OUT}' file.fasta

2013-03-21 18:09:01 Scrutinizer

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