将BED文件转换为WIG文件

Question

您知道一种轻松转换（通过R或程序）将BED文件转换为WIG的方法吗？

你能给我一些指导吗？

谢谢!!!!

问候 安娜

Answer 1

看看在rtracklayer包，特别在以下手册页：

?import 
?export 

Answer 2

（这可能是一个超级反应迟缓，但因为我跨过柱来了，我决定举一个具体的例子。）

这里是一个具体的例子，我将如何将.bed转换为.wig。作为@Paolo暗示，这是一个直接的过程：

library(rtracklayer) #bioconductor 
bed_loaded <- import(con="~/Downloads/my_bed.bed.gz", format="bed") #no need to unzip .gz 
# bed_loaded <- import.bed(con="~/Downloads/my_bed.bed") #if you unzip 
export.wig(object=bed_loaded, con="~/Downloads/bed2wig.wig") 

请注意，您import和export都有方法（假发，床，要人或体重等）。您可以直接使用它们而不指定方法，但指定format参数。

This GitHub tutorial will be helpful。