如何在R或MATLAB中打开3D .npy文件？

Question

我有.npy形状[512，512，x]的文件，其中x最大可达400.在这些数组中（这是正确的术语吗？我不确定正确的术语），有浮点数字在零和一之间。它们是噪声图像的灰度级别。图像是512x512像素和每个npy文件我有不同数量的图像保存。

我现在想要做一些计算与噪声的图像，但一直无法导入R或MATLAB数组：

在RI试过RcppCNPy - 封装，并得到了错误“不支持的维度npyLoad” 。

在MATLAB中，我尝试了readNPY - 功能得到了错误“此文件不似乎是基于头部NumPy的格式。”但是我的文件没有标题。难道这个功能只适用于二维数组吗？

我怎么能访问我以前保存的3D数组？

MATLAB或R的任何帮助将非常感谢！

Answer 1

npy是一个独特的numpy文件格式。是的，它有一个包含版本，维度，步幅和dtype等信息的标题块。

快速浏览readNpy显示它是相对较新和实验性的。检查他们的能力。

np.savetxt写入文本CSV文件。这是广泛使用的（查看关于np.genfromtxt和np.loadtxt的SO问题的数量），但“纸”的本质是2d - 列的行。我不知道有什么标准可以编写更高维的数组 - 重塑成2d和返回可能是最简单的。

scipy.io.savemat可以写MATLAB兼容.mat文件。这个（和loadmat）能够读/写较高D数组，以及MATLAB结构和单元。这是numpy和MATLAB之间经过最好测试的文件交换。

较新的MATLAB保存格式使用HDF5文件。 Python h5py包可以读取和写入。关于阅读由MATLAB生成的这种类型的文件，存在着一些SO问题。 Python-created HDF5 dataset transposed in Matlab

请记住，MATLAB维度排序相当于numpy'F'的顺序。

比较：

xf=np.arange(12).reshape(3,4,order='F') # saved with savemat 

>> xf(:).'  # in octave 
ans = 
    0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 

没有顺序= F，倍频给

0 4 8 1 5 9 2 6 10 3 7 11 

和

>> xf 
xf = 
    0 3 6 9 
    1 4 7 10 
    2 5 8 11 

>> x 
x = 
    0 1 2 3 
    4 5 6 7 
    8 9 10 11 

np.asfortranarray(x)似乎不有所作为。

Answer 2

如果您有权访问python和numpy，一种解决方法是使用np.load()加载.npy文件，然后使用np.savetxt()将它们保存为txt格式。

编辑：看来savetxt（）不带3D阵列工作，所以在python2你可以使用文件（）顺序的阵列的写入2D条目：

import numpy as np 
a = np.arange(60).reshape(3, 4, 5) 
with file("test.txt", 'w') as f: 
    for slice in a: 
     np.savetxt(f, a) 

你也可以重塑到一个二维数组，使用savetxt，然后将其加载到csv/Matlab中并对其进行重新整形。