将命名元组的值从字符串转换为整数

Question

我正在创建一个脚本，以便将csv文件从其列标题读入一组命名元组中。然后，我将使用这些命名的数据来提取符合特定条件的数据行。

我已经制定了输入（如下所示），但是在将数据输出到另一个文件之前过滤数据时遇到问题。是

import csv 
from collections import namedtuple 

with open('test_data.csv') as f: 
    f_csv = csv.reader(f) #read using csv.reader() 
    Base = namedtuple('Base', next(f_csv)) #create namedtuple keys from header row 
    for r in f_csv: #for each row in the file 
     row = Base(*r) 
     # Process row 
     print(row) #print data 

我的输入文件的内容如下：

Locus   Total_Depth  Average_Depth_sample Depth_for_17 
chr1:6484996 1030   1030     1030 
chr1:6484997 14    14      14 
chr1:6484998 0    0      0 

而且他们从我的代码打印为如下：

基地（轨迹= 'CHR1：6484996'， （Locus ='chr1：6484997'，Total_Depth = '14'， Average_Depth_sample = '14'，Depth_for_17 = '14'）（平均值='1030'， Average_Depth_sample ='1030'，Depth_for_17 ='1030'） 基地（轨迹= 'CHR 1：6484998'，Total_Depth = '0'，Average_Depth_sample = '0'， Depth_for_17 = '0'）

我希望能够用Total_Depth拉出仅记录大于15

直观我尝试以下功能：

if Base.Total_Depth >= 15 : 
    print row 

然而，这仅打印数据的最终行（从上面的输出表格）。我认为这个问题是双重的。据我所知，我不会将我的命名元组存储在任何地方，以便稍后引用它们。其次，数字正在以字符串格式而不是整数读取。

首先有人可以纠正我，如果我需要将我的namedtuples存储在某处。

第二，如何将字符串值转换为整数？或者这是不可能的，因为namedtuples是不可变的。

谢谢！

I previously asked a similar question关于字典，但现在想用namedtuples代替。 :)

Answer 1

地图你的价值观，以int创建命名元组实例时：

row = Base(r[0], *map(int, r[1:])) 

这使r[0]值作为一个字符串，其余值映射到int()。

This does需要了解可以转换为整数的CSV列的知识，这里是硬编码的。

演示：

>>> from collections import namedtuple 
>>> Base = namedtuple('Base', ['Locus', 'Total_Depth', 'Average_Depth_sample', 'Depth_for_17']) 
>>> r = ['chr1:6484996', '1030', '1030', '1030'] 
>>> Base(r[0], *map(int, r[1:])) 
Base(Locus='chr1:6484996', Total_Depth=1030, Average_Depth_sample=1030, Depth_for_17=1030) 

请注意，您应该测试对行，而不是Base类：

if row.Total_Depth >= 15: 

内环路，或收集行的新的循环。