箱线图与R轴的限制

我有近400列制表符分隔的格式的数据填充值，即箱线图与R轴的限制

  X    Y   Z    A  B    C 
     2.34   .89  1.4    .92  9.40   .82 
     6.45   .04  2.55   .14  1.55   .04 
     1.09   .91  4.19   .16  3.19   .56 
     5.87   .70  3.47   .80  2.47   .90

现在我想用箱线图可视化数据method.Though是困难的视图400中单ODF，我想分成50 each.ie（50×8）。这里是我使用的代码：

boxplot(data[1:50],xlab="Samples",xlim=c(0.001,70),log="xy", 
     pch='.',col=rainbow(ncol(data[1:50)))

但我得到以下错误：

In plot.window(xlim = xlim, ylim = ylim, log = log, yaxs = pars$yaxs) : nonfinite axis limits [GScale(-inf,4.4591,2, .); log=1]

我想查看包含400个样本的盒子图，每个样本包含8个不同的pdf ......请帮助我获得更好的可视化效果。

来源

2011-11-03 Dinesh

您正在同一图表中绘制400个盒子？ – James

列是否是绝对的？如果是这样，你为什么使用对数轴？如果不是，也许你应该规范数据集，以便列类型获得它自己的字段（根据@ Ben的答案） - 你会发现更容易理解你的列。 – RobinGower

@James是的，我想在同一个图中绘制 – Dinesh

我同意你将不得不做一些激烈的事情来区分同一个图中的400个盒子。下面的代码使用了两个技巧：（1）反转通常的x-y顺序，以便读取标签（绘制在y轴上）更容易; （2）将输出发送到一个高大而瘦的PDF文件，以便您可以在闲暇时滚动浏览它。我还选择用平均值对变量进行排序，以使绘图更易于解释 - 这将是可选的，但我怀疑在任何情况下，在400箱的情节中查找特定类别都很困难。

nc <- 400 
z <- as.data.frame(matrix(rnorm(nc*100),ncol=nc)) 
library(ggplot2) 
m <- melt(z) 
m <- transform(m,variable=reorder(variable,value)) 
pdf(width=10,height=50,file="boxplot.pdf") 
print(ggplot(m,aes(x=variable,y=value))+geom_boxplot()+coord_flip()) 
dev.off()

来源

2011-11-03 22:57:21

'熔化'！你从哪里来过我的生活？ – RobinGower

它在'reshape'包（它是'ggplot2'的依赖项，因此自动加载） –

@BenBolker我想要boc图的前50和后50，然后..但是当我尝试使用以下代码“boxplot（raw.expression [1:50]，log =”xy“，xlim = c（0.001,70），pch ='。'，col = rainbow（ncol（raw.expression [1:50]）））“它使我得到以下错误：”在plot.window（xlim = xlim，ylim = ylim，log = log，yaxs = pars $ yaxs）中：非限定轴限制[GScale（-inf，4.4591,2，。） ; log = 1]“请帮助我 – Dinesh

考虑到您正在绘制箱形图中的400个盒子，我不惊讶您无法看到它们。假设你有一个1024像素宽的显示器。您的应用程序将只能够显示两个像素宽的框。即使屏幕较大，也不会增加像素数量（一个2000像素的屏幕最多可以显示5个像素宽的框）。

我会建议在两个或多个独立的地块上绘制您的盒子。

来源

2011-11-03 22:11:19 NickLH

其他人已经指出，实际的箱柜是不会很好的工作。但是，是这是一种非常有效的方式，可以直观地扫描所有变量：只需将其分布作为图像（即热图）绘制即可。下面是一个例子，展示如何获得400个变量和80,000个单独数据点的真正容易性！

# Simulate some data 
set.seed(12345) 
n.var = 400 
n.obs = 200 
data = matrix(rnorm(n.var*n.obs), nrow=n.obs) 

# Summarize data 
breaks = seq(min(data), max(data), length.out=51) 
histdata = apply(data, 2, function(x) hist(x, plot=F, breaks=breaks)$counts) 

# Plot 
dev.new(width=4, height=4) 
image(1:n.var, breaks, t(histdata), xlab='Variable Index', ylab='Histogram Bin')

enter image description here

如果所有变量具有可比性，或至少分为理性的群体这将是最有用的。 hclust和heatmap函数在这里也可以用于更复杂的显示。祝你好运！

来源

2011-11-04 03:47:27

我想制作前50和后50的箱形图，然后......但是当我尝试使用下面的代码“boxplot（raw.expression [1:50]，log =” xy“，xlim = c（0.001,70），pch ='。'，col = rainbow（ncol（raw.expression [1:50]）））”它使我得到以下错误：“在plot.window（xlim = xlim，ylim = ylim，log = log，yaxs = pars $ yaxs）： nonfinite axis limits [GScale（-inf，4.4591,2，。）; log = 1]“Please help me – Dinesh

箱线图与R轴的限制

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