我已经在R中使用不同的聚类方法(kmeans,hclust,agnes,funny)对风暴能量数据进行聚类,但即使很容易为我的工作选择最佳方法,但我需要一种计算(而不是理论)方法,通过它们的结果来比较和评估方法。你相信有什么东西吗?在R中聚类海浪数据
由于提前,
我已经在R中使用不同的聚类方法(kmeans,hclust,agnes,funny)对风暴能量数据进行聚类,但即使很容易为我的工作选择最佳方法,但我需要一种计算(而不是理论)方法,通过它们的结果来比较和评估方法。你相信有什么东西吗?在R中聚类海浪数据
由于提前,
谢谢你的问题,我学到了你不能从factoextra
包
使用kmeans
演示从here
# Load and scale the dataset
data("USArrests")
DF <- scale(USArrests)
When data is not scaledd the clustering results might not be reliable [example](http://stats.stackexchange.com/questions/140711/why-does-gap-statistic-for-k-means-suggest-one-cluster-even-though-there-are-ob)
library("factoextra")
# Enhanced k-means clustering
res.km <- eclust(DF, "kmeans")
# Gap statistic plot
fviz_gap_stat(res.km$gap_stat)
聚类功能比较:
您可以使用所有可用的方法和计算集群的最佳数目与:
clusterFuncList = c("kmeans", "pam", "clara", "fanny", "hclust", "agnes" ,"diana")
resultList <- sapply(clusterFuncList,function(x) {
cat("Begin clustering for function:",x,"\n")
#For each clustering function find optimal number of clusters, to disable plotting use graph=FALSE
clustObj = eclust(DF, x,graph=FALSE)
#return optimal number of clusters for each clustering function
cat("End clustering for function:",x,"\n\n\n")
resultDF = data.frame(clustFunc = x, optimalNumbClusters = clustObj$nbclust,stringsAsFactors=FALSE)
})
# >resultList
# clustFunc optimalNumbClusters
# 1 kmeans 4
# 2 pam 4
# 3 clara 5
# 4 fanny 5
# 5 hclust 4
# 6 agnes 4
# 7 diana 4
间隙统计即优度配合措施:
“差距统计量”用作聚类算法的拟合优度的度量,参见paper
对于固定数量的用户定义的簇,我们可以从cluster
封装clusGap
功能比较间隙统计每个聚类算法:
numbClusters = 5
library(cluster)
clusterFuncFixedK = c("kmeans", "pam", "clara", "fanny")
gapStatList <- do.call(rbind,lapply(clusterFuncFixedK,function(x) {
cat("Begin clustering for function:",x,"\n")
set.seed(42)
#For each clustering function compute gap statistic
gapStatBoot=clusGap(DF,FUNcluster=get(x),K.max=numbClusters)
gapStatVec= round(gapStatBoot$Tab[,"gap"],3)
gapStat_at_AllClusters = paste(gapStatVec,collapse=",")
gapStat_at_chosenCluster = gapStatVec[numbClusters]
#return gap statistic for each clustering function
cat("End clustering for function:",x,"\n\n\n")
resultDF = data.frame(clustFunc = x, gapStat_at_AllClusters = gapStat_at_AllClusters,gapStat_at_chosenCluster = gapStat_at_chosenCluster, stringsAsFactors=FALSE)
}))
# >gapStatList
# clustFunc gapStat_at_AllClusters gapStat_at_chosenCluster
#1 kmeans 0.184,0.235,0.264,0.233,0.27 0.270
#2 pam 0.181,0.253,0.274,0.307,0.303 0.303
#3 clara 0.181,0.253,0.276,0.311,0.315 0.315
#4 fanny 0.181,0.23,0.313,0.351,0.478 0.478
上面的表具有在从K均clutser每个算法的间隙统计量= 1至5.列3,gapStat_at_chosenCluster
在k = 5簇处具有 间隙统计量。统计越低,分区越好,因此,在k = 5个簇中,kmeans
相对于USArrests
数据集执行更好的
感谢您的回答,但我认为您提出了另一种制作群集的方法(某事我已经完成了)。这也是固定的,我需要5个群集,所以我没有寻找最佳数量的群集。除非有意义运行此代码才能找到5个集群更好的方法! – Marz
我记得有人使用Dunn索引来评估聚类算法。见http://artax.karlin.mff.cuni.cz/r-help/library/clValid/html/dunn.html –
嗨。也许最好在Cross Validated上提出你的问题,这是关于机器学习等问题的平台。如果您正在寻找R中的软件包进行集群,请尝试使用插入符号包。 caret包含许多用标准包装进行聚类的不同方法,因此比较结果更容易。 – PhiSeu
感谢您的建议,我会仔细研究以上! – Marz