从Python子进程读取标准输出

我试图捕获通过python启动的进程用于记录目的的输出。但由于某种原因，尽管我所有的尝试都没有解决方案似乎适用于这种特殊情况。有人可以帮忙吗？我的代码如下所示：从Python子进程读取标准输出

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 > ../results/trimmed.fq' 
p = Popen(cmd,shell=True,stdout = PIPE) 
for line in p.stdout:output.write(line)

来源

2014-06-30 user1598231

它看起来像你指挥输出到'../结果/ trimmed.fq'与你的shell命令，为什么你会被期待从任何标准输出输出？ –

您正在使用'> ../ results/trimmed.fq'写入文件。如果您在终端中运行该命令，您是否看到任何输出？还是一切都被转储到该文件？ – Engineero

> ...重定向命令将文件的输出;因此，您将不会从命令中获得任何输出。删除> ...部分：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2'

来源

2014-06-30 17:12:12 falsetru

> ../results/trimmed.fq将你的命令的输出重定向确实进入../results/trimmed.fq为falsetru说，所以你不应该期望有任何线p.stdout打印。如果在运行该命令后该文件仍然为空，我会怀疑input.fq或fastx_clipper的参数有问题。

另外我只想指出，如果您想要将输出写入文件并将其显示在终端中，则可以使用tee命令。它应该是这样的：

'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 | tee ../results/trimmed.fq'

来源

2014-06-30 17:37:12

从Python子进程读取标准输出

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