使节点更加分离（图形可视化）

我想绘制距离矩阵的图形。代码工作正常，并给我一个图像。图像很大，但所有节点都打包在一起。我想增加节点之间的空间。我希望节点分开更多而不是放大。使节点更加分离（图形可视化）

我试过Graphviz NEATO，但问题是它只支持100个节点，因为我有1000个节点，它显示了10个节点，每个节点有100个节点。

我的总代码 -

import networkx as nx 
import pickle 
import matplotlib.pyplot as plt 
print "~~~Unpickle." 
p_file = open('pickles/names') 
Names = pickle.load(p_file) 
p_file.close() 
p_file = open('pickles/distance') 
Dist = pickle.load(p_file) 
p_file.close() 

G = nx.Graph() 

print "~~~Inserting Nodes." 
for store in Names: 
    G.add_node(store) 

print "~~~Inserting Edges." 

for i in range(601): 
    for j in range(601): 
     if Names[i]!=Names[j]: 
      G.add_edge(Names[i],Names[j],weight=Dist[i][j]) 
print "~~~Drawing Graph." 
nx.draw(G,pos,node_color='#A0CBE2',edge_color='none',width=1, edge_cmap=plt.cm.Blues, with_labels=False) 
print "~~~Saving Figure." 
plt.savefig("graph.png", dpi=500, facecolor='w', edgecolor='w',orientation='portrait', papertype=None, format=None,transparent=False, bbox_inches=None, pad_inches=0.1) 
print "~~~Success!"

输出（边缘和标签移除）： enter image description here

600个节点Graphvix NEATO的输出 -

enter image description here

来源

2012-12-09 Anirudh

从figure文档：

figure(num=None, figsize=(8, 6), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')

所以图（figsize =（10,10））产生一个10英寸-by- 10英寸的图像，这将是800×800像素。

如果要打印大型网络图形，最简单的方法是增加DPI。

试着这么做：

plt.figure(num=None, figsize=(10, 10), dpi=1200). This will produce a large image file.

您也可以尝试打印PDF

plt.savefig("graph.pdf")

使用此选项，最终图表将不被光栅化。

要更改节点之间的距离，可以减小节点或更改布局。改变布局很难做好。

尝试在布局例如缩放选项，

scale = 2

将所有节点之间距离的两倍。

因此，在你的榜样，改线

nx.draw(G)

到

pos = nx.circular_layout(G, scale=2) 
nx.draw(G, pos)

您还可以使用不同的布局，请documentation了解更多详情。

来源

2012-12-09 05:29:15 rputikar

在你的新代码这条线上的pos是什么？ 'nx.draw（G，pos，node_color ='＃A0CBE2'，edge_color ='none'，width = 1，edge_cmap = plt.cm.Blues，with_labels = False） '尝试写'pos = nx.graphviz_layout（G ）'之前的一条线。或尝试不同的布局。 – rputikar

'pos = nx.spring_layout（G，scale = 2）'也试过graphviz_layout（G），circular_layout（G，scale = 2）。在绘图参数中没有任何东西可以帮助 – Anirudh

尝试node_size例如'node_size = 15' – rputikar

使节点更加分离（图形可视化）

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