在Ubuntu中执行python脚本默认为shell而不是bash

我在Ubuntu中运行一个依赖于正在安装的软件包的python脚本。这些都安装，因为我可以调用它们，但脚本不能。在Ubuntu中执行python脚本默认为shell而不是bash

我想这是因为该脚本使用shell（SH），而不是在bash version.i收到此错误信息进行：

sh: genomeCoverageBed: command not found

，但可以在猛砸手动调用genomeCoverageBed：

[email protected]:~/jonathan/scripty$ genomeCoverageBed 


Tool: bedtools genomecov (aka genomeCoverageBed) 
Version: v2.26.0 

Summary: Compute the coverage of a feature file among a genome.

我的问题＃1这部分是误导和错误的！：

我加入这个家当的明星！我的python脚本的T：不过这并没有影响结果

＃/斌/庆典

，

考虑了这一点，我的剧本还是引起了同样的错误消息下面是部分脚本：

for filename in os.listdir(folder): 
if filename.endswith(".sorted.bam"): 
    namefile = filename.replace(".sorted.bam", "_ncoverage.txt") 
    folder_name = filename.replace(".sorted.bam", "") 
    os.system("mkdir " + folder_name) 
    os.system("coverageBed -s -d -a bam " + folder + filename + " -b " + gff_file + " > " + folder_name + "/" + namefile)

这里是当我运行此脚本会发生什么：

[email protected]:~/jonathan/script$ sudo python2.7 script1.py ./Folder/ ./Folder/ref.fasta genbank.gff 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: coverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found 
sh: genomeCoverageBed: command not found

对于我能做什么，或者即使我走上正轨，你有什么建议吗？感谢您的帮助！

来源

2016-11-07 Jonathan Abrahams

恩，你把'＃！/ bin/sh'放在python脚本的顶部？它运行一个子shell，而不是python。 – tdelaney

确切地说，你的脚本是用什么语言编写的，'python'或'bash'？ – jojo

这个脚本是用python –

你的shebang正在调用一个子shell，就像@tdelaney在评论中提到的那样。您需要使用像下面这样使用Python作为程序执行文件：

#! /usr/bin/env python

来源

2016-11-07 15:21:41 Fruitspunchsamurai

您使用了错误的家当

#!/bin/bash

当一个Linux shell被要求运行一个文本文件（例如./myprogram.py），它看着shebang找出应该用哪个程序来解释文本。在你的情况下，你要求shell运行/bin/bash - 另一个shell，它试图将python脚本解释为shell脚本。

你可以写的家当不同

#!/usr/bin/env python3

这告诉运行/usr/bin/env这将搜索的路径，一个叫pythnon3事情外壳。现在，您为当前环境运行python安装程序。默认情况下它的系统是python，但是如果你运行在python虚拟环境中，它运行即 python。

shebang仅在linuxy系统上使用，仅在您使脚本可执行并直接运行时才会使用。如果在windows（cygwin或其他类Unix外壳之外）上运行或直接运行python（python /path/to/myscript.py），则不使用它。

来源

2016-11-07 15:24:56 tdelaney

为了确认，我试图在bash环境中演示python脚本，是吗？我通常运行脚本如下：sudo python2.7 script.py –

你最后的评论对我来说是最重要的。你只能使用shebang来使脚本可执行并直接运行它。我误导了你和其他人，包括我的错误快速修复'＃！/ bin/bash'。原来的问题仍然存在 –

@JonathanAbrahams你可以发布你的失败的python脚本的一个小例子吗？只要把它解释成几行来展示问题，并在你的问题中加上一个完整的堆栈跟踪（如果适用）。然后我们可以解决这个问题。 – tdelaney

如果您将＃！/ bin/bash打开，将会在bash中打开，Ubuntu将不会运行python中的python文件。试着把＃！/ usr/bin/python或＃！在/ usr /斌/包膜蟒蛇

来源

2016-11-07 15:25:34

我跟着这个帖子：

https://unix.stackexchange.com/questions/83191/how-to-make-sudo-preserve-path

，并补充说：

须藤ENV “PATH = $ PATH”

我指挥的开始这解决了我的问题！

感谢所有帮助！

来源

2016-11-07 16:55:17

在Ubuntu中执行python脚本默认为shell而不是bash

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