把数据放在文本文件中的名单或名气

有一些数据（蛋白质ID），例如：P91913 P0DM41 Q93573 P49197.我想下载序列信息http://www.uniprot.org，现在我可以下载一个，但是我想要下载很多。当我获得.fasta时，每个url仅在ID中有所不同。因此，我想把这些ID放在一个列表或框架上，然后通过ID一个接一个。现在这些ID是在一个文本文件中，如果我想使用循环语句来逐一获取ID，我该怎么办？不同ID的序列信息。提前致谢！把数据放在文本文件中的名单或名气

来源

2015-12-03 changqi

根本不需要使用'XML'包。我相信我编辑的答案会做你的工作。 –

我已经运行了您编辑的代码并获取了我想要获取的信息。但是我在文本文件中有很多ID，我想要在文本文件中获得所有ID的序列。因此，我猜是否可以处理用向量来构建一组向量，这样我就可以获得所有的序列信息。在开始时，我假装使用列表或框架并进行循环，但是我无法使其工作！我应该如何处理代码以及我说的方法是否可行！谢谢！@Ven Yao – changqi

假设您有一个包含每行包含一个id的所有id的文件。然后，你可以简单地用'readLines'函数将你的文件读入R中。 x < - readLines（“allids.txt”）。然后继续我的答案。您可能需要阅读readLines和read.table等手册。 –

x <- c("P91913", "P0DM41", "Q93573", "P49197") 
y <- sapply(x, function(i) { 
    url <- paste("http://www.uniprot.org/uniprot/", i, ".fasta", sep="") 
    return(readLines(url)) 
}) 

writeLines(unlist(y), "E:\\qq.txt")

来源

2015-12-03 03:06:04

把数据放在文本文件中的名单或名气

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