GDCM库无法读取C＃DICOM文件

我试图读取使用GDCM库使用此代码DICOM文件：GDCM库无法读取C＃DICOM文件

gdcm.ImageReader imagereader = new gdcm.ImageReader(); 
imagereader.SetFileName(@"E:\sample_success.dcm"); 
if (!imagereader.Read()) throw new Exception("Cannot read dicom file!");

对于“sample_success.dcm”的文件，我可以读取文件就好了（sample_success.png）。但使用“sample_failed.dcm”文件时，GDCM会抛出异常，因为它无法读取它。我尝试使用其他DICOM查看器（如Radiant）打开文件，并且它工作正常。我的GDCM版本有问题吗？为什么它不能读取它？

我使用GDCM 2.6.5。请找到这两个样本here.

来源

2016-09-22 rg11

你的文件包含垃圾（二进制0的一堆）后偏移0x1480aa（在像素数据属性的某处）。如果没有正确报告错误，您对工具包有什么期望？

由设计GDCM将仍然加载任何它可以直到错误。因此，如果您在代码中删除new Exception，则可以决定（例如）将imagereader.GetFile()传递给gdcm::Writer，并将该文件重写为干净的DICOM。

作为一个方面说明，我没有访问Radiant软件，但我觉得很奇怪，它并不表示在这种情况下的错误。

我检查过DCMTK和dicom3tools，他们都报告解析问题。

使用gdcm命令行工具，你可以使用几乎重写文件清理：

$ gdcmconv -I sample_failed.dcm sample_failed_correct.dcm

因为你的输入数据集是无效的，GDCM（错误地）认为，看一个属性，您可以用其删除：

$ gdcmanon --dumb --remove 0,0 sample_failed_correct.dcm sample_failed_correct_clean.dcm

然后：

$ gdcminfo sample_failed_correct.dcm 
MediaStorage is 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.3.1 [Ultrasound Multi-frame Image Storage] 
TransferSyntax is 1.2.840.10008.1.2.4.50 [JPEG Baseline (Process 1): Default Transfer Syntax for Lossy JPEG 8 Bit Image Compression] 
NumberOfDimensions: 3 
Dimensions: (800,600,21) 
SamplesPerPixel :3 
BitsAllocated  :8 
BitsStored   :8 
HighBit   :7 
PixelRepresentation:0 
ScalarType found :UINT8 
PhotometricInterpretation: YBR_FULL_422 
PlanarConfiguration: 0 
TransferSyntax: 1.2.840.10008.1.2.4.50 
Origin: (0,0,0) 
Spacing: (0.0106324,0.0106324,1) 
DirectionCosines: (1,0,0,0,1,0) 
Rescale Intercept/Slope: (0,1) 
Orientation Label: AXIAL

其有效期与NUM像素数据中的碎片：

$ gdcmdump sample_failed_correct.dcm | grep Item | grep "ff.d8" | wc 
    21  126 2856

来源

2016-09-22 12:06:29 malat

如何使用代码重写文件？我试图将'imagereader.GetFile（）'传递给ImageWriter，并且结果文件是空的。由于'imagereader.Read（）'失败，它不会返回任何图像。 – rg11

@ rg11更新了我的答案。只需将'gdcm :: File'传递给'gdcm :: Writer' – malat

非常感谢。有效。 – rg11

GDCM库无法读取C＃DICOM文件

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