如何在kmeans中映射Spark中的MongoDB数据？

我想在Spark中使用MongoDB提供的数据运行k-means。我有一个工作实施例中，其作用对一个平面文件：如何在kmeans中映射Spark中的MongoDB数据？

sc = SparkContext(appName="KMeansExample") # SparkContext 
data = sc.textFile("/home/mhoeller/kmeans_data.txt") 
parsedData = data.map(lambda line: array([int(x) for x in line.split(' ')])) 
clusters = KMeans.train(parsedData, 2, maxIterations=10, initializationMode="random")

这是平面文件的格式为：

现在我想用MongoDB的更换简单文件：

spark = SparkSession \ 
.builder \ 
.appName("myApp") \ 
.config("spark.mongodb.input.uri", "mongodb://127.0.0.1/ycsb.usertable") \ 
.config("spark.mongodb.output.uri", "mongodb:/127.0.0.1/ycsb.usertable") \ 
.getOrCreate() 

df = spark.read.format("com.mongodb.spark.sql.DefaultSource").option("uri","mongodb://127.0.0.1/ycsb.usertable").load() 

# <<<< Here I am missing the parsing >>>>> 

clusters = KMeans.train(parsedData, 2, maxIterations=10, initializationMode="random")

我喜欢了解如何映射df中的数据，以便它可以用作kmeans的输入。

来源

2017-08-02 MBushveld

我喜欢了解如何映射df中的数据，以便它可以用作kmeans的输入。

根据您的代码段，我假定您使用PySpark。

如果你看看clustering.KMeans的Python API文档，你可以看到，第一个参数需要使用MongoDB Spark Connector

df = spark.read.format("com.mongodb.spark.sql.DefaultSource") 
       .option("uri","mongodb://127.0.0.1/ycsb.usertable") 
       .load()

从MongoDB的负载数据，你有什么要RDD of Vector or convertible sequence types

后，你下面的代码执行在df是一个DataFrame，所以我们需要将它转换成可转换为Vector类型的东西。

因为你在你的文本文件例如使用numpy.array，我们可以继续使用这种阵列式学习转变。

根据提供的layout，首先我们需要删除_id列，因为它不需要进行聚类训练。有关更多信息，另请参阅Vector数据类型。

通过以上信息，让我们来看看它：

# Drop _id column and get RDD representation of the DataFrame 
rowRDD = df.drop("_id").rdd 

# Convert RDD of Row into RDD of numpy.array 
parsedRdd = rowRDD.map(lambda row: array([int(x) for x in row])) 

# Feed into KMeans 
clusters = KMeans.train(parsedRdd, 2, maxIterations=10, initializationMode="random")

如果你想保持布尔值（真/假），而不是整数（1/0），那么你可以删除int部分。如下图所示：

parsedRdd = rowRDD.map(lambda row: array([x for x in row]))

把所有的人都在一起：

from numpy import array 
from pyspark.mllib.clustering import KMeans 
import org.apache.spark.sql.SparkSession 

spark = SparkSession \ 
.builder \ 
.appName("myApp") \ 
.config("spark.mongodb.input.uri", "mongodb://127.0.0.1/ycsb.usertable") \ 
.config("spark.mongodb.output.uri", "mongodb:/127.0.0.1/ycsb.usertable") \ 
.getOrCreate() 

df = sqlContext.read.format("com.mongodb.spark.sql.DefaultSource").load() 

rowRDD = df.drop("_id").rdd 
parsedRdd = rowRDD.map(lambda row: array([int(x) for x in row])) 

clusters = KMeans.train(parsedRdd, 2, maxIterations=10, initializationMode="random") 
clusters.clusterCenters

来源

2017-08-03 01:36:00

如何在kmeans中映射Spark中的MongoDB数据？

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