在python中运行批处理文件

Question

我有一组代码，我想依次通过.py文件而不是.bat文件运行，我该怎么做？我有这样做的以下代码：

#!/usr/bin/python 
    import sys 
    import os 
    bashCommand = "./available_itemsawk.sh" 
    os.system(bashCommand) 
    python_command="python run_process.py" 
    os.system(python_command) 

我有两个问题： 1）我有shell脚本（available_itemsawk.sh）如下：

#!/bin/bash 
    join -1 4 -2 1 -o 1.1,1.2,1.3,1.4,1.5,1.6,2.2 <(sort -k4 abc.txt) <(sort -k1 cdf.txt) > join.txt 
    awk '{print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$4"\t"$5"\t"$6}' join.txt > temp 
    mv temp join.txt 

然而，当我打电话和运行它通过python脚本，我得到以下错误：

sort: write failed: standard output: Broken pipe 
    sort: write error 

2）如何通过os.system进程串行运行脚本？

 abc.txt 
     chr7 99999667 100000138 ENSG00000078487:I17.1  - 
     chr7 100000139 100000199 ENSG00000078487:E17.1 ENSE00001180416 - 
     chr9 100000046 100000367 ENSG00000203279:E2.1 ENSE00001678182 - 
     chr3 99998605 100000561 ENSG00000036054:I5.1  + 
     chr3 100000562 100000586 ENSG00000036054:E6.1 ENSE00001916783 + 
     chr3 100000586 100000691 ENSG00000036054:E6.2 ENSE00003639820|ENSE00001916783 + 
     chr9 99983518 100000704 ENSG00000159712:I1.1  - 
     chr9 100000368 100000704 ENSG00000203279:I1.1  - 
     chr9 100000731 100000765 ENSG00000254876:E1.1 ENSE00002183448 + 
     chr9 100000765 100000779 ENSG00000197816:E1.1 ENSE00003621967 + 


     cdf.txt 
     ENSG00000078487:I17.1 
     ENSG00000254876:E1.1 
     ENSG00000036054:E6.1 
     ENSG00000036054:I5.1 
     ENSG00000197816:E1.1 

Answer 1

因为我不能评论（还没有50pts），这是我最好的猜测。

这似乎是一个权限问题。可以是每个脚本（批处理和Python）的单独权限，也可以是脚本标题中定义的内容。

的Python脚本包含#!/usr/bin/python，而你的批处理文件#!/bin/bash

这可能不是你的问题的核心。但它让我想到，也许你的.py脚本中的一个被拥有或被一个用户执行的权限低于你的批处理脚本所需的权限，或者你的一个.txt文件。

我会确保您的所有脚本和输入/输出文件不需要提升权限。你是以用户还是root用户身份运行它们？这些可读，可写，可由用户或只是root执行？

Arch Linux file permissions wiki entry.