结合numpy阵列和掩模

Question

我有以下问题。在知道与numpy我可以阅读genfromtext数据文件。然后我可以用掩码（从字典中）选择记录。

>>> gln = a[a['AA2'] == 'GLN'] 
>>> gln['mean'].mean() 
62.805000305175781 

我怎样才能做到这一点，而不是从磁盘读取这些数组的组合呢？

x=[] 
y=[] 
ov=[] 
aa=[] 

a = numpy.array(x,y,ov,aa)   <== does not actually work 
gln = a[a[3] == 'GLN'] 
gln['mean'].mean() 

我如何得到这个工作？

Answer 1

请记住，在Python中，由[]生成的对象通常被称为list，而不是array。所以考虑到这一点，我假设你真正的问题是“如何将4个独立的python list s转换为2维numpy阵列？”

答案取决于您希望list s如何排列在阵列中。假设每个列表代表一排，你可以这样做：

>>> x = range(0, 4) 
>>> y = range(4, 8) 
>>> ov = range(8, 12) 
>>> aa = range(12, 16) 
>>> numpy.array([x, y, ov, aa]) 
array([[ 0, 1, 2, 3], 
     [ 4, 5, 6, 7], 
     [ 8, 9, 10, 11], 
     [12, 13, 14, 15]]) 

或者，如果每个列表代表一栏，你可以这样做：

>>> numpy.array(zip(x, y, ov, aa)) 
array([[ 0, 4, 8, 12], 
     [ 1, 5, 9, 13], 
     [ 2, 6, 10, 14], 
     [ 3, 7, 11, 15]]) 

然后，你可以只使用布尔索引你与genfromtxt产生的array做：

>>> a = numpy.array(zip(x, y, ov, aa)) 
>>> a[a == 1] 
array([ 1, 5, 9, 13, 3, 7, 11, 15]) 

这可能是你正在寻找合并x的一些其他的方式，y,ov和aa组成一个数组。在这种情况下，您将不得不指定列表中的内容和所需输出的形状。