导致对象消失的函数

Question

这是我遇到的一个非常奇怪的情况。基本上，我试图将累积分布函数拟合到我的数据的G函数中。完成后，我想绘制模型和原始数据，并将其输出为PDF。我会让代码解释（简单的复制和粘贴）：

library(spatstat) 

data(swedishpines) 

mydata <- swedishpines 

mydata.Gest <- Gest(mydata) 

Gvalues <- mydata.Gest$rs 

count <- (which(Gvalues == 1))[1] 

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count) 

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r) 

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE)) 

pdf(file = "ModelPlot.pdf") 

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL) 
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue") 
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black') 

graphics.off() 

上面的代码完美地工作。

现在是奇怪的部分。

当我封装mydata <- swedishpines作为函数之后的所有命令，并且导致mydata成为此函数的输入时，它不再起作用。以下代码应该执行代码的最后一部分，但它不。

library(spatstat) 

data(swedishpines) 

mydata <- swedishpines 

ModelFit <- function(mydata) { 

mydata.Gest <- Gest(mydata) 

Gvalues <- mydata.Gest$rs 

count <- (which(Gvalues == 1))[1] 

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count) 

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r) 

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE)) 

pdf(file = "ModelPlot.pdf") 

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL) 
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue") 
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black') 

graphics.off() 

} 

ModelFit(mydata) 

出现以下错误：

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'new_r' not found 

我很困惑。我一直在研究这个问题很长一段时间，只是不能想出解决这个问题的办法。 PDF输出，但它是腐败的，不会打开。我不知道为什么new_r'消失'，但这样做会导致所有绘图操作停止。显然，new_r是函数ModelFit的本地函数，但它几乎看起来好像在函数的某些区域也是本地的。

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

你在那里做了很多隐含的东西......我会建议更明确地写东西。

具体而言，mydata.Gest$r <- new_r然后在您的绘图公式plot(..., cbind(rs, theo) ~ r, ...)中用r代替new_r。这对我行得通。不知道为什么它在一个函数之外，而不是在里面，但依靠plot来看看mydata.Gest的本地范围以外的new_r是有风险的。

此外，使用=分配的事情列一个数据帧，而不是<-

从一个干净的会话：

data.frame(x<-1:10, y<- 1:10) 
ls() 

与

data.frame(x=1:10, y=1:10) 
ls()