如何从命令行使用cTAKES？

Question

我想知道如何从命令行使用Apache cTAKES。

E.g. ：

• 我有一个文件note.txt包含一些文本，如“病人有 血糖升高，但检查确认无糖尿病患者的父亲 成年发病型糖尿病。”
• 我想使用所提供的分析引擎 \apache-ctakes-3.2.2-bin\apache-ctakes-3.2.2\desc\ctakes-clinical-pipeline\desc\analysis_engine\AggregatePlaintextUMLSProcessor.xml

我怎样才能使用 命令行（分析发动机的输出（即注释），即不使用图形用户界面，比如UIMA CAS 可视调试器或收集处理引擎）？我宁愿 使用提供的JAR文件，而不必编译代码。

这个问题相当简单，但我找不到 cTAKES's README或 Confluence中的信息。

Answer 1

请尝试以下步骤，从命令行中使用cTAKES CPE（重点班是 “org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE”）：

1. 目录更改为$ CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/

2. 将test_plaintext.xml复制到另一个文件（例如“test_plaintext_test.xml”）。

3. 编辑“test_plaintext_test.xml”设置输入目录;找到名称为“InputDirectory”的“nameValuePair”，并将值字符串设置为输入目录。下面的示例设置的输入目录为 “$ CTAKES_HOME/note_input”：

   <nameValuePair> 
       <name>InputDirectory</name> 
       <value> 
        <string>note_input</string> 
       </value> 
   </nameValuePair> 
   

4. 同样，编辑 “test_plaintext_test.xml” 来设置输出目录（ “$ CTAKES_HOME/result_output” 在下面的示例）：

   <nameValuePair> 
       <name>OutputDirectory</name> 
       <value> 
        <string>result_output</string> 
       </value> 
   </nameValuePair> 
   

5. 保存 “test_plaintext_test.xml” 并将目录更改为$ CTAKES_HOME /箱。

6. 将runctakesCPE.sh复制到另一个文件（例如“runctakesCPE_CLI.sh”）。

7. 编辑“runctakesCPE_CLI.sh”;将最后一行（“java ...”）替换为以下行（“USER”和“PW”应由您的UMLS用户名和密码替换，并且可根据内存大小调整内存设置Xms和Xms你的机器）上：

   java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*:$CTAKES_HOME/desc/:$CTAKES_HOME/resources/ -Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g org.apache.uima.examples.cpe.SimpleRunCPE $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_processing_engine/test_plaintext_test.xml 
   

8. 保存 “runctakesCPE_CLI.sh”，然后创建输入目录（ “$ CTAKES_HOME/note_input”）和输出目录（ “$ CTAKES_HOME/result_output”）。

9. 将您的note.txt放入输入目录（例如“$ CTAKES_HOME/note_input/note.txt”），然后运行“runctakesCPE_CLI.sh”。

10. cTAKES CPE将在命令行模式下开始运行，并且生成的文件将在输出目录中生成（例如“$ CTAKES_HOME/result_output/note.txt.xml”）。

我实际使用您的note.txt运行上述步骤，这里是note.txt.xml产生的前几行：

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><CAS version="2"> 
     <uima.cas.Sofa _indexed="0" _id="3" sofaNum="1" sofaID="_InitialView" mimeType="text" sofaString="Patient had elevated blood sugar but tests confirm no diabetes. Patient's father had adult onset diabetes.&#10;"/> 
     <org.apache.ctakes.typesystem.type.structured.DocumentID _indexed="1" _id="1" documentID="note.txt"/> 
     <uima.tcas.DocumentAnnotation _indexed="1" _id="10" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" language="x-unspecified"/> 
     <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Segment _indexed="1" _id="15" _ref_sofa="3" begin="0" end="107" id="SIMPLE_SEGMENT"/> 
     <org.apache.ctakes.typesystem.type.textspan.Sentence _indexed="1" _id="21" _ref_sofa="3" begin="0" end="63" sentenceNumber="0"/> 

希望这有助于:-)

Answer 2

java -Dctakes.umlsuser=USER -Dctakes.umlspw=PW -cp $CTAKES_HOME/lib/*;$CTAKES_HOME/desc/;$CTAKES_HOME/resources‌​/ - Dlog4j.configuration=file:$CTAKES_HOME/config/log4j.xml -Xms2g -Xmx3g to_replace $CTAKES_HOME/desc/ctakes-clinical-pipeline/desc/collection_p‌​rocessing_engine/tes‌​t_plaintext_test.xml

替换为 “to_replace” 要么

org.apache.ctakes.ytex.tools.RunCPE or org.apache.ctakes.core.cpe.CmdLineCpeRunner