如何在某些行上替换以某些字符开头的单词？

Question

我想用SED命令从我的文件中替换/删除rs数字。 我有一个VCF文件：

##reference=file:/hs37d5.fasta 

#CHROM POS  ID  REF  ALT  QUAL FILTER INFO FORMAT SC_PCHD5235298 

1  10234 rs145599635  C  T  153.34 . 

我想更换RS *条目仅在所不以＃开头的行， 例如，我想用一个点来代替rs145599635。并希望它忽略以＃开头的行。

我试图

sed "/^[^#]/s/rs.*/./g" test.vcf 

，但它的RS后删除所有内容。

Answer 1

你可以用这个试试，

例：

sed -i 's/\(^[^#].*\)rs[0-9]\+\(.*\)/\1rs.\2/' test.vcf 

我改变你的command.You要这样写。

sed -i "/^[^#]/s/rs[0-9]\+/rs./g" test.vcf 

我的test.vcf文件看起来像这样。我认为你的文件只是这个样子。

##reference=file:/hs37d5.fasta 

    #rs145599635 C T 153.34 . 
    #1 10234 rs145599635 C T 153.34 . 
    #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT SC_PCHD5235298 

    1 10234 rs145599635 C T 153.34 . 

我希望这会帮助你。