Python Networkx无法导出到具有属性的graphml

将以下问题转换为graph.xml（不能在此处发布所有代码，但这里是要点）。 NetworkX版本是1.6.2Python Networkx无法导出到具有属性的graphml

我有一个称为图G

networkx有向图

G = nx.DiGraph()

在作者列表格式加权边缘（作者单位，AuthorB，重量）

G.add_weighted_edges_from(author_list)

填充它

我在这里可以导出graphml和正常工作

nx.write_graphml(G, 'test.graphml')

我再计算出的PageRank在图表上

graph_metric = nx.pagerank_numpy(G, weight='weight')

，然后在图形属性添加到节点

nx.set_node_attributes(G, 'pagerank', graph_metric)

如果我遍历图我可以打印出节点名称和歌的PageRank

for n.d in G.nodes_iter(data=True): 
    print n, d

AuthorA {u'pagerank'：0.0076688948270074164} ... ... ...

但如果更新我尝试创建从图中我得到了以下错误graphml属性后：

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 111, in generate_graphml 

writer.add_graph_element(G) 

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 305, in add_graph_element 

self.add_nodes(G,graph_element) 

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 262, in add_nodes 

self.add_attributes("node", node_element, data, default) 

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 255, in add_attributes 

scope=scope, default=default_value) 

File "/usr/lib/pymodules/python2.7/networkx/readwrite/graphml.py", line 242, in add_data 

raise nx.NetworkXError('GraphML writer does not support ' 

NetworkXError: GraphML writer does not support dict types as data values.

的思考？

来源

2014-01-13 Michael

也许您需要发布更多的代码...我只是想在这里，它似乎正常工作。我是py26/nx1.6 IIRC。有一件事是，它抱怨说，你设置一个属性为一个字典的值，这是无效的。上面的代码没有这样做，但一开始将找出哪个节点有一个无效值的属性...将张贴代码来做到这一点.... –

我没有看到你发布什么这看起来像一个问题。不支持的类型的错误消息在网络x-1.7中（稍微）得到了改进https://github.com/networkx/networkx/commit/661dcf479d9e597d6d7b83a1db7b8fbbb76f9599因此您可以考虑升级到更新的版本，并查看是否提供了哪些数据导致graphml编写器投诉。 – Aric

保存为GraphML时，不能自动序列化字符串。 [OSMnx]（http://geoffboeing.com/2016/11/osmnx-python-street-networks/）例如有一个内置功能，用于将networkx网络保存为GraphML文件，以序列化节点和边缘的字典属性。 – eos

好吧，它确实告诉你 - 你不能把字典作为graphml属性 - 它们大多数情况下都需要是数字类型或字符串。

没有答案，但更容易把代码放在这里。找到“坏”的节点：

for node in G.node: 
    for attrib in G.node[node]: 
     if type(G.node[node][attrib]) == dict: 
      print node

来源

2014-01-13 19:16:54

它确实告诉你，它是我添加的pagerank属性 - 你可以从'AuthorA {u'pagerank'：0.0076688948270074164}'中看到。奇怪的是，您可以更新图中节点的属性，但是没有内建的方法让graphml将它们写出来。似乎我必须生成graphml，然后在它创建完成后通过迭代进行更新。你运行的代码是 – Michael

吗？你所看到的是预期的行为 - 那就是打印'n'（这是一个字符串）和'd'（这是一个属性字典）。我得到相同的输出，但write_graphml工作正常。 –

您运行的是哪个版本的networkx？ – Michael

Python Networkx无法导出到具有属性的graphml

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