使用grep过滤两个文件之间的行

Question

我有一个文件tab和一个文件lrt$fitted.values。我想从tab采取的ID GeneID和lrt$fitted.values筛选出的行匹配该GeneID

我想是这样的：

grep(tab$GeneID,lrt$fitted.values) 

我的文件：

tab 
               GeneID  logFC logCPM  LR  PValue  FDR 
hsa-miR-20b-5p|hsa-mir-20b hsa-miR-20b-5p|hsa-mir-20b -1.802771 5.28974 14.69575 0.0001263309 0.02728747 


head(lrt$fitted.values) 
           124G  356G  126G  235G  46G  243G  82G  68G  192G 
hsa-let-7a-5p|hsa-let-7a-1 32183.896 29310.569 69804.995 66689.788 59921.623 64198.314 31899.265 59945.275 56539.4487 
hsa-let-7a-5p|hsa-let-7a-2 32180.380 29307.367 69797.369 66682.502 59915.077 64186.624 31895.780 59934.359 56529.1532 
hsa-let-7a-5p|hsa-let-7a-3.732 29237.562 69631.124 66523.676 59772.369 64016.191 31819.810 59775.218 56379.0534 
hsa-let-7b-5p|hsa-let-7b 12255.487 11161.337 26581.438 25395.180 22817.893 23257.116 12147.101 21716.368 20482.5400 
hsa-let-7c-5p|hsa-let-7c 1120.679 1020.626 2430.686 2322.211 2086.537 1105.720 1110.767 1032.467 973.8072 
hsa-let-7d-5p|hsa-let-7d 2955.159 2691.327 6409.567 6123.525 5502.065 5455.887 2929.024 5094.443 4804.9994 

Answer 1

我假设您的文件作为数据帧加载到R中（基于$）。如果您想筛选基于排斥值的列表上lrt$fitted.values数据帧我会做这样的事情：

#list of exclusion values 
negvalues <- tab$GeneID 

# exclude those values based on rownames. 
df <- lrt$fitted.values 
df[!rownames(df) %in% negvalues,] 

%in%将检查列表中的成员资格; !将否定查找。