[R read.xlsx给我java.io.FileNotFoundException

Question

我尝试使用R包xlsx载入可用的文件在这个网址： http://www.plosgenetics.org/article/fetchSingleRepresentation.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1002236.s019

library(xlsx) 
filename="/home/avilella/00x/mobile.element.insertions.1000g.journal.pgen.1002236.s019.xlsx" 

system(paste("ls -l",filename)) 
-rw-rw-r-- 1 avilella avilella 2372143 2011-12-11 16:36 /home/avilella/00x/mobile.element.insertions.1000g.journal.pgen.1002236.s019.xlsx 

下载完成后，我尝试加载它[R使用read.xlsx或read.xlsx2：

file <- system.file("mobile.element.insertions.1000g", filename, package = "xlsx") 
res <- read.xlsx2(file, 1) # read first sheet 

但我得到一个错误：

Error in .jnew("java/io/FileInputStream", file) : java.io.FileNotFoundException: (No such file or directory)

有何想法？

Answer 1

1）xlsx包。尝试使用file.choose，这将使您能够以交互导航到该文件，从而消除其误认的可能性：

fn <- file.choose() 
DF <- read.xls(fn, 1) 

2）GDATA包。如果上述仍不起作用，那么你可以在gdata中尝试read.xls。它使用perl程序而不是java。它可以读取xls和xlsx文件，并可以读出的数据正确的脱净（下载它到临时文件和的方式，是对用户透明的从那里读它）：

library(gdata) 
URL <- "http://www.plosgenetics.org/article/fetchSingleRepresentation.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1002236.s019" 
DF <- read.xls(URL) 

在GDATA ?read.xls具有更多信息。