在Linux环境中运行FSL命令的问题

我是FSL的新手，使用4.1.8版。我试图运行一个脚本来读取并生成*.nii文件，FSL通常支持这种格式。我从Matlab内调用FSL功能probtrackx。不过，我得到以下错误消息看似无法产生或识别*.nii文件：在Linux环境中运行FSL命令的问题

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for '~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001' 

** ERROR: nifti_image_open(~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001): bad header info 

ERROR: failed to open file ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001 

ERROR: Could not open image ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001

该文件确实存在，但FSL无法识别它们。对于如何解决问题并使FSL正常工作的任何帮助将非常感激。我怀疑这是一个Linux设置问题，只是不知道如何解决它。在之前发布的相关问题的解决方案建议添加ls='ls --color=auto'。我试过了。

来源

2011-12-29 farras abdelnour

一些FSL工具假定已设置了$FSLDIR unix环境变量，在您的MATLAB环境中可能不是这种情况。你可以用类似于setenv('FSLDIR', '/usr/local/fsl')（当然如果你的FSL安装在不同的地方进行了修改）来解决这个问题。有些还需要执行常规FSL设置脚本：system('. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh')。另见：http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html。

取而代之的是更为复杂的probtrackx脚本，还有一点要尝试第一个阶段是：

system('fslhd ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001')

如果失败，出现同样的错误，那么你知道你输入的路径数据不正确。例如，你的意思是有..在那里？

此外，在未来，最好的地方，以获得FSL支持他们的邮件列表上：https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=fsl

来源

2011-12-29 22:37:15

感谢评论和建议的解决方案。 SETENV（ 'FSLDIR'， '在/ usr /本地/ FSL'）已经在ENV，我也试过系统（ '$ {} FSLDIR /etc/fslconf/fsl.sh'）无济于事。有趣的是，同样的脚本似乎在我的同事的电脑上工作得很好。感谢建议系统（ 'fslhd〜/文档/ fMRI_data /../ DTI/fsl_dti /口罩/ target_mask_001'），它工作得很好，我假设表明，这些文件不会被损坏。我将在另一台计算机上尝试脚本。新年快乐！ – 2011-12-31 19:08:32

在Linux环境中运行FSL命令的问题

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