总结基于R中的多边形程度栅格值

我正在寻找提高速度和降低以下行的内存使用的方式比较快的方式：总结基于R中的多边形程度栅格值

export <- raster(paste0(catch_dir,'/export_streams.rst')) 
    catchm_polyg <- readOGR(dsn = catch_dir, layer = 'catchment') 
    Model_10 <- extract(export, catchm_polyg, fun = sum, na.rm = TRUE)

这给我的总和所有来自export_streams.rst的值，以catchm_polyg作为范围。

我想为不同的输入数据做很多次。因此，代码是function的一部分，然后在foreach循环中使用。这一切都在一定程度上正常工作。虽然代码不适用于较大的输入数据，因为我显然没有足够的内存（32GB，64位R版本）。计算时间也非常长。有关如何改进代码的任何建议？

来源

2016-10-03 nowi

几件事情要加快东西可能包括以下一些：

问自己：我可以先aggregate我的光栅使用和功能的骏马分辨率？
内存：使用光栅包中的函数时，不要始终写入内存。请尝试在可能的情况下进行外部写入，否则会出现内存错误。

如果您有多部分多边形（SpatialPolygonDataframe对象）。只需运行一次提取函数，然后取消选择然后运行函数。

# quickly summarise across multiple polygons 
allmyvals <- extract(myrast, myploys) 
myploys$sum_in_poly <- unlist(lapply(allmyvals , function(x) if (!is.null(x)) sum(x, na.rm=TRUE) else NA))

采取另一种方法出了光栅包或尝试一些GetValues方法。见这些线程：
- https://gis.stackexchange.com/questions/130522/increasing-speed-of-crop-mask-extract-raster-by-many-polygons-in-r
- https://gis.stackexchange.com/questions/156663/really-slow-extraction-from-raster-even-after-using-crop

来源

2016-10-05 05:20:18

感谢您的回答。 '提取（myrast，myploys，fun = sum，na.rm = TRUE，文件名=“myfile.rst”，overwrite = TRUE）'这给了我作为数字的总和。但是，如果我现在想要使用这个号码（例如转换为其他单位），我该如何“抓住”这个号码？因为代码显然不写一个名为“myfile.rst”的文件。我也可以写'extract（myrast，myploys，fun = sum，na.rm = TRUE，overwrite = TRUE）''。我不明白代码实际上在哪里“写入文件”。 – nowi

O对不起。你是正确的写外部不会使用extract（）。我做了相应的编辑。 –

总结基于R中的多边形程度栅格值

回答

相关问题