如何在linux shell命令中运行自定义的R函数？

我想在名为“run.plot.R”的R文件中使用linux在远程HPC上运行自定义函数。如何在linux shell命令中运行自定义的R函数？

我键入linux命令：

R CMD run.plot.R

但似乎功能代码不被R读取文件呢。如何将函数文件加载到R然后运行它？

的r CMD BATCH run.plot.R'或'Rscript run.plot.R'？ –

我经常使用

R --vanilla -f <filename>

的--vanilla标志用于确保在多个用户之间一致的[R环境。根据您的需要，您可能会也可能不想使用它。

2014-04-04 03:28:54 ALiX

有三个选项：

Rscript run.plot.R

或

R CMD BATCH run.plot.R

所有这三个在非交互模式下运行。

如果你想以交互方式运行，要么

R --file run.plot.R

或刚开始R过

那么一旦R的运行

source("run.plot.R")

然而，上述所有的假设run.plot.R包含功能码和 R调用来运行这些R函数。

最后，给出的文件名，任何情节是否或者可以生成b，将取决于远程Linux服务器上运行如何，X是否超过转发您所使用的连接等

2014-04-04 03:30:25

因此，在文件“run.plot.R”中我必须定义run.plot（）函数，并且在脚本文件的末尾我必须调用run.plot（）函数，对吧？（目前我只在.R文件中定义了函数） –

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