rjava依赖程序包安装分段错误（核心转储）

我正试图重新安装我以前能够安装和使用的程序包。在我的电脑意外重新启动后，我正在构建我自己的软件包，然后我开始在加载rpgraph软件包时遇到问题。所以我决定卸载它并重新安装它。当我这样做，我得到了以下错误：rjava依赖程序包安装分段错误（核心转储）

library(devtools) 

library(rJava) 
install_github("Albluca/rpgraph") 


Downloading GitHub repo Albluca/[email protected] 
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master 
Installing rpgraph 
Running command /usr/lib/R/bin/R 
Arguments: 
CMD 
INSTALL 
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96 
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4 
--install-tests 

installing source package ‘rpgraph’ ... 
** R 
** data 
*** moving datasets to lazyload DB 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
Segmentation fault (core dumped) 
ERROR: loading failed 
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’ 
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs,   stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback =  real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback,  stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show,  spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) :  System command error`

我尝试重新安装Java和CRAN从零但不知何故，有一些东西留在我的系统，可避免要安装的软件包。另外，由于错误信息量不大，我不知道如何缩小问题的位置。

感谢您提供的任何帮助。

来源

2017-06-21 gonzalipto

我可以在这里提出的建议是使用JDK，rJava和R来获得一切。如果我使用这个：http：//www.owsiak.org/?p=3671并按照此处所述进行安装：https://github.com/Albluca/rpgraph它按预期工作。 – mko

@gonzalipto，升级我的Ubuntu发行版后，我遇到了同样的麻烦。我有一个以前的虚拟机snapshop，我已经设法重现这个问题。你能告诉我，如果你在Linux上运行它？如果是这样，那你现在的内核版本是什么？ – asuka

查看[相关问题]（https://stackoverflow.com/questions/44684612/rmongo-installation-fails-with-segmentation-fault-in-ubuntu），这表明它可能与安装的Linux内核有关 – daroczig

这似乎是近期内核版本中的一个错误，其他涉及Java的R库以及其他软件也会出现同样的问题。

参见https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.html和https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919。

此变通方法的伎俩对我来说：

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g"

来源

2017-07-07 13:59:17

更好的链接：https://github.com/s-u/rJava/issues/110 –

我在安装以下库时遇到了同样的问题：vanneuler和wordnet（两者都取决于rjava）。我解决了建议的解决方案，感谢分享。 – rlar

我经历了同样的问题在安装库vanneuler和wordnet并使用由Kenneth提出的解决方案解决了这个问题。在我的情况下，选择-Xss2560k足以解决：

export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"

另外：而不是从java选项可以直接从使用以下命令R对话设定终端运行export命令：

options(java.parameters = "-Xss2560k")

来源

2017-07-18 09:53:07 rlar

rjava依赖程序包安装分段错误（核心转储）

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