在find -exec中使用zcat和sed

Question

我需要使用具有特定名称模式的几个gzip文件的内容创建一个大文本文件。要做到这一点，我用：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} >> all.txt \; 

它工作得很好。问题是，现在我需要编辑文本以用“>文件名|”替换特定的字符“>”。我已经成功地做饭这件事：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} | sed 's/>/>{}|/g' >> all.txt \; 

但我收到以下错误：

• sed的：无法读取;：没有这样的文件或目录
• 发现：缺少参数到`-exec'

我知道可怜的bash很困惑，因为我没有正确指定每个命令结束的位置，但我不知道如何正确执行。

Answer 1

-exec需要一个简单的命令及其参数;它不会像管道或重定向一样处理shell构造。您的原始命令是相同的

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} \; >> all.txt 

由于壳立即识别输出重定向并识别命令（find）和它的参数之前通过命令行删除。

由于sed要求文件名为find作为其命令的一部分，因此需要通过-c选项运行一个将管道作为参数的shell。

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec \ 
    sh -c "zcat {} | sed 's/>/>{}|/g'" \; >> all.txt 

这种方法存在一些问题;修复它们需要让sh命令更复杂一些。如果你正在使用bash 4或更高版本，我建议干脆抛弃find和使用shell循环与**水珠沿着：

shopt -s globstar 
for f in ./**/*dna.toplevel.txt.gz; do 
    zcat "$f" | sed "s|>|>$f|g" 
done >> all.txt 

如果这个命令是建立all.txt，你可以简单地使用>，而不是>>。这也假定$f将不包含任何|字符;如果是这样，你需要选择一个不同的分隔符。

Answer 2

尝试将引号（"）围绕参数-exec。

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec "zcat {} | sed 's/>/>{}|/g'" >> all.txt \; 

你需要躲避管道：

find . -name '*dna.toplevel.txt.gz' -exec zcat {} \| sed 's/>/>{}|/g' >> all.txt \;