生成分割彩色矩形（）

Question

我一直在尝试使用二维直角坐标图ggplots/reshape2用这样的代码来生成：

library(reshape2) 
library(ggplot2) 
m <- matrix(c('SNV', 'SNV', NA, NA, 'INDEL', 'SNV', 'INDEL', 'SNV', 'SNV/INDEL'), 3, 3) 
ggplot(melt(m), aes(Var1,Var2, fill=value)) + geom_raster() + xlab('Patient') + ylab('Gene') 

注意如何为具有SNV瓦/ INDEL将它作为一个单独的类别将其颜色设为蓝色。我只是想知道是否有办法让它实际上有一块分色瓷砖，这样瓷砖的颜色就变成了栗色/绿色（比如一半的瓷砖是褐红色，另一半是绿色的）？

感谢，

Answer 1

这比我想要多一点手动，但它推广到多于两个值的小区内。这也采用data.table，只是因为它使价值观的转变在“X/Y/Z”熔化的数据帧中的格式幸福很简单：

library(data.table) 
dt <- data.table(melt(m)) 
dt <- dt[, strsplit(as.character(value), "/"), by=list(Var1, Var2)] # this expands "X/Y/Z" into three rows 
dt[, shift:=(1:(.N))/.N - 1/(2 * .N) - 1/2, by=list(Var1, Var2)] 
dt[, height:=1/.N, by=list(Var1, Var2)] 
ggplot(dt, aes(Var1,y=Var2 + shift, fill=V1, height=height)) + 
    geom_tile(color="yellow", size=1) + xlab('Patient') + ylab('Gene') 

注意我做你的数据集一点通过添加一个带有三个值的盒子更有趣（并且这与geom_tile，而不是光栅，希望不是交易断路器）。

m <- structure(c("SNV", "SNV", NA, NA, "INDEL/POS/NEG", "SNV", "INDEL", 
      "SNV", "SNV/INDEL"), .Dim = c(3L, 3L))