编译并运行OpenMPI程序

我使用的集群有几种主机类型 - Linux的不同发行版/版本，一些32位，一些64位，不同版本的GCC。我知道我应该使用针对GCC的特定于平台的MPI包装器来编译我的程序。这一步对我来说或多或少都很清楚。编译并运行OpenMPI程序

我的程序使用固定数量的主机，每台主机只运行一个进程。共享内存线程由TBB处理，所以基本上我只需要MPI用于主机之间的工作分配。

最后一步是在所有主机上运行程序。事实证明，这是我不知道如何去做的部分，我的IT人员也帮不了我。

我所拥有的是为每个主机的主机IP地址的列表（本地地址是准确的，像192.168.1.xxx）和用户名和密码。在所有主机上运行我的程序的步骤是什么，只要它是具有特定于平台的编译器的编译器并复制到每个主机中？任何帮助赞赏。

2011-08-21 pic11

您需要无密码SSH访问所有机器，hostfile，所有机器上的可执行文件。确保可执行文件在所有机器上具有相同（相对）路径。

HOSTFILE（主计算机上）：

# my_hostfile 
192.168.0.205 
192.168.0.208

命令打开MPI：

mpirun --hostfile my_hostfile programname

对于无密码SSH接入创造条件，~/.ssh

ssh-keygen -t rsa

一个masterkey添加（的~/.ssh/rsa.pub一行）的内容从主计算机到一个新行在目标机器上的~/.ssh/authorized_keys2。（相反，RSA，你可以使用其他SSH密码。）

2011-08-21 16:53:44

我从来没有使用MPI却不需要启动主机上的东西吗？ –

@Martin：不，这是通过'mpirun'完成的。不要问我如何。 –

我要去尝试了这一点对本地集群明天早上。 ;-) –

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