ImageJ的jar文件的插件快捷方式创建

我一直在发育生物学标记的项目用DAPI染色，以确定标志物表达的百分比沿着各种核标记。我发现在使用CLAHE程序时，ImageJ插件ITCN（http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/itcn.html）对每个标记都很好。我的问题是我有大约6000张图片需要分析，我希望能够自动化这个过程。我已经录制宏，如下面的（这本身可以循环到单独的图像文件）：ImageJ的jar文件的插件快捷方式创建

open("image"); 
run("8-bit"); 
run("CLAHE"); 
run("ITCN "); 
close();

但ITCN图标不会自动开始分析，也没有一个容易编程的捷径来完成这项工作。我对任何Java编程完全无知，我很想知道是否有解决这个可能的简单问题的方法。

在此先感谢迈克尔

来源

2011-01-25 Michael L

的ITCN插件实现为PlugInFrame及其设置不记录的，因为你已经发现。然而，从源头上看，一旦它已经收集了选项，你应该能够以编程方式调用，插件只是使用另一个名为ITCN_Runner的类。

但是，你不能从宏语言做到这一点。可能最简单的选择是使用ImageJ的内置Javascript脚本。例如，像往常一样启动宏录制器，但在左上角选择“JavaScript”。然后第一对夫妇的命令的出现对我来说（有一些格式化为清楚起见）为：

imp = IJ.openImage("/home/mark/test.tif"); 
IJ.run(imp, "8-bit", ""); 
IJ.run(imp, 
     "Enhance Local Contrast (CLAHE)", 
     "blocksize=127 histogram=256 maximum=3 mask=*None* fast_(less_accurate)");

然后，如果你看一下ITCN插件的源代码，你可以看到如何创建ITCN_Runner类并运行它 - 例如：

runner = new ITCN_Runner(imp, 
          1, /* width*/ 
          5.0, /* minimum distance */ 
          0, /* threshold */ 
          false, /* detect dark peaks */ 
          null /* mask ImagePlus */) 
runner.run()

在另一个窗口中生成输出，该窗口具有相同的名称，但前缀为"Results "。

来源

2011-01-25 11:58:34

感谢马克。

不幸的是，当我运行java纸条导致错误。

的ReferenceError：没有定义 “ITCN_Runner”。（＃6）在行号6

它说，有在ITCN浇道的线未知源。我不知道这是否是代码问题，我只是简单地复制并粘贴到记录器中，而无需进入源代码或ITCN运行器本身。再次

感谢，

迈克尔

来源

2011-01-25 18:07:54

@Micheal L I知道，它已经很长一段时间。我有个类似的问题。你有没有机会解决它 – Lune3414 2017-02-22 15:19:39

ImageJ的jar文件的插件快捷方式创建

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