错误时，出口数据框到文本文件中的R

Question

我想写R中到一个文本文件中的数据帧，但是它返回到以下错误：

Error in if (inherits(X[[j]], "data.frame") && ncol(xj) > 1L) 
      X[[j]] <- as.matrix(X[[j]]) : 
    missing value where TRUE/FALSE needed 

我用下面的命令导出：

write.table(df, file ='dfname.txt', sep='\t') 

我不知道问题可能源于什么。至于“缺少需要TRUE/FALSE的数据”，我只有一列包含TRUE/FALSE值，并且这些值都不会丢失。

内容数据框的：

> str(df) 
'data.frame': 776 obs. of 15 variables: 
$ Age   : Factor w/ 4 levels "","A","J","SA": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ... 
$ Sex   : Factor w/ 2 levels "F","M": 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 ... 
$ Rep   : Factor w/ 11 levels "L","NR","NRF",..: 1 1 4 4 2 2 2 2 2 2 ... 
$ FA   : num 61.5 62.5 60.5 61 59.5 59.5 59.1 59.2 59.8 59.9 ... 
$ Mass  : num 20 19 16.5 17.5 NA 14 NA 23 19 18.5 ... 
$ Vir1  : num 999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ... 
$ Vir2  : num 999 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ... 
$ Vir3  : num 40 999 999 999 999 999 999 999 999 999 ... 
$ Location : Factor w/ 4 levels "Loc1",..: 4 4 4 4 4 4 2 2 2 2 ... 
$ Site  : Factor w/ 6 levels "A","B","C",..: 5 5 5 5 5 5 3 3 3 3 ... 
$ Date  : Date, format: "2010-08-30" "2010-08-30" ... 
$ Record  : int 35 34 39 49 69 38 145 112 125 140 ... 
$ SampleID : Factor w/ 776 levels "AT1-A-F1","AT1-A-F10",..: 525 524 527 528 
                   529 526 111 78 
                   88 110 ... 
$ Vir1Inc  : logi FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE ... 
$ Month  :'data.frame': 776 obs. of 2 variables: 
    ..$ Dates: Date, format: "2010-08-30" "2010-08-30" ... 
    ..$ Month: Factor w/ 19 levels "Apr-2011","Aug-2010",..: 2 2 2 2 
                  2 2 18 18 18 18 ... 

我希望我已经给予了足够/正确的信息......

非常感谢， 希瑟

Answer 1

agstudy的解决方案提供了一个很好的快速解决方案，但有一个简单的替代/通用解决方案，您不必指定在data.frame元素（一个或多个），这是（是）嵌套：

下位刚刚从agstudy's solution复制到获得嵌套data.frame dd：

Month=data.frame(Dates= as.Date("2003-02-01") + 1:15, 
       Month=gl(12,2,15)) 
dd <- data.frame(Age=1:15) 
dd$Month <- Month 

您可以使用akhilsbehl'sLinearizeNestedList()函数（mrdwab提供here）变平（或线性）的嵌套级别：

library(devtools) 
source_gist(4205477) #loads the function 

ddf <- LinearizeNestedList(dd, LinearizeDataFrames = TRUE) 
# ddf is now a list with two elements (Age and Month) 

ddf <- LinearizeNestedList(ddf, LinearizeDataFrames = TRUE) 
# ddf is now a list with 3 elements (Age, `Month/Dates` and `Month/Month`) 

ddf <- as.data.frame.list(ddf) 
# transforms the flattened/linearized list into a data.frame 

ddf现在是没有NE的data.frame刺。然而，它的列名仍然反映了嵌套结构：

names(ddf) 
[1] "Age"   "Month.Dates" "Month.Month" 

如果你想改变这个（在这种情况下，它似乎是多余的有Month.Dates之前写，例如），您可以使用gsub和some regular expression我抄从Sacha Epskamp删除.之前列名中的所有文本。

names(ddf) <- gsub(".*\\.","",names(ddf)) 
names(ddf) 
[1] "Age" "Dates" "Month" 

现在剩下的唯一的事情是出口的data.frame像往常一样：

write.table(ddf, file="test.txt") 

Answer 2

一个例子来重现错误。我创建了一个嵌套data.frame：

Month=data.frame(Dates= as.Date("2003-02-01") + 1:15, 
       Month=gl(12,2,15)) 
dd <- data.frame(Age=1:15) 
dd$Month <- Month 
str(dd) 
'data.frame': 15 obs. of 2 variables: 
$ Age : int 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 
$ Month:'data.frame': 15 obs. of 2 variables: 
    ..$ Dates: Date, format: "2003-02-02" "2003-02-03" "2003-02-04" ... 
    ..$ Month: Factor w/ 12 levels "1","2","3","4",..: 1 1 2 2 3 3 4 4 5 5 ... 

不，我试图挽救它，我重现错误：

write.table(dd) 
Error in if (inherits(X[[j]], "data.frame") && ncol(xj) > 1L) 
    X[[j]] <- as.matrix(X[[j]]) : missing value where TRUE/FALSE needed 

没有inverstigating，一个选项来删除嵌套data.frame：

write.table(data.frame(subset(dd,select=-c(Month)),unclass(dd$Month))) 

Answer 3

或者，您可以使用“扁平化”功能从jsonlite包导出之前扁平化数据帧。它实现了所提及的其他功能的相同结果，并且更容易实现。

jsonlite::flatten

https://rdrr.io/cran/jsonlite/man/flatten.html