使用docker文件安装R软件包

我在docker文件中使用了下面的行安装了R。请建议如何指定现在要安装在我的docker文件中的软件包。使用docker文件安装R软件包

RUN yum -y install R-core R-devel

我在做这样的事情：

RUN R -e "install.packages('methods',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"\ 
    && R -e "install.packages('jsonlite',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')" \ 
    && R -e "install.packages('tseries',dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/')"

这是做正确的方法是什么？

来源

2017-07-24 Ashag

可能的相关文章：https：//stackoverflow.com/questions/6907937/how-to-install-dependencies-when-using-r-cmd-install-to-install-r-packages – Damian

你给的链接不是关于dockerfile。你能建议如果你有什么想法，我该怎么办？ – Ashag

是否可以从shell提示符运行命令或通过Docker运行R脚本？这篇文章提出了安装软件包的多种选择 - 我认为它们中的一种可能适用于您的情况，即使未特别提及docker也是如此。 – Damian

我建议看看R-studio和R-base。你可以有一个预先安装了R的映像，它们也可以帮助你安装软件包。 Here是他们在RStudio上的文档的链接。有点难找。 This部分可能会帮助你。

来源

2017-07-24 21:01:54 Ayushya

1.）我不想安装R studio。 2.）我不能使用r-base或其他的东西，因为mybase图像来自一些私人存储库，因此。我不能使用apt-get来安装任何东西.Tha是我使用yum来安装东西的原因。你可以建议丰富的情况下，使用yum安装R我的方式后，我如何安装软件包？ – Ashag

我不知道如何安装R包，但是，如果您可以准备一个安装R包的脚本，那么我可以帮助您在dockerfile中运行该脚本。 – Ayushya

检查修改请 – Ashag

您可以使用所需的安装命令编写R脚本，然后使用Docker运行它 - 如果我正确阅读本文档（https://hub.docker.com/_/r-base/）。

FROM r-base 
COPY . /usr/local/src/myscripts 
WORKDIR /usr/local/src/myscripts 
CMD ["Rscript", "myscript.R"] 

Build your image with the command: 

$ docker build -t myscript /path/to/Dockerfile

其中myscript.R包含相应的软件包安装命令。

来源

2017-07-24 21:20:13 Damian

运行R脚本是不可能的。 – Ashag

我正在做这样的事情：RUN R -e“install.packages（'methods'，dependencies = TRUE，repos ='http：//cran.rstudio.com/'）”\ && R -e“install .packages（'jsonlite'，dependencies = TRUE，repos ='http：//cran.rstudio.com/'）“\ && R -e”install.packages（'tseries'，dependencies = TRUE，repos ='http ：//cran.rstudio.com/'）“ – Ashag

这是正确的做法吗？ – Ashag

是的，你的解决方案应该可以工作。我遇到了同样的问题，并在这里找到了解决方案https://github.com/glamp/r-docker/blob/master/Dockerfile。

总之，使用：RUN Rscript -e "install.packages('PACKAGENAME')"。我已经尝试过，它的工作原理。

来源

2018-02-14 13:06:39 elevendollar

使用docker文件安装R软件包

回答

相关问题